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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dj6 | ||||||||||||||||||
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タイトル | COMPLEX OF A Z-DNA HEXAMER, D(CG)3, WITH SYNTHETIC POLYAMINE AT ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / Z-DNA:POLYAMINE COMPLEX / X-RAY CRYSTAL STRUCTURE / POLYAMINE BINDING IN MINOR GROOVE OF Z-DNA | 機能・相同性 | N,N'-BIS(2-AMINOETHYL)-1,2-ETHANEDIAMINE / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1 Å | データ登録者 | Ohishi, H. / Tomita, K.-i. / Nakanishi, I. / Ohtsuchi, M. / Hakoshima, T. / Rich, A. | 引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2002 | タイトル: The crystal structure of N1-[2-(2-amino-ethylamino)-ethyl]-ethane-1,2-diamine (polyamines) binding to the minor groove of d(CGCGCG)2, hexamer at room temperature 著者: Ohishi, H. / Suzuki, K. / Ohtsuchi, M. / Hakoshima, T. / Rich, A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dj6.cif.gz | 22.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dj6.ent.gz | 12.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dj6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dj6_validation.pdf.gz | 369.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dj6_full_validation.pdf.gz | 396.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dj6_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dj6_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/1dj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/1dj6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 29 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2MM AMMONIUM SALT OF D(CG)3, 10MM POLYAMINE PA(222) TETRACHLORIDE, 15MM MGCL2, 30MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: NICOLET P3 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1→10 Å / Num. all: 11627 / Num. obs: 11212 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 0.07 % / Biso Wilson estimate: 5.7 Å2 / Net I/σ(I): 40000 |
反射 | *PLUS Num. obs: 10897 / % possible obs: 83.7 % / Num. measured all: 30955 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: Z-DNA 解像度: 1→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 3
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-93 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.138 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |