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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1din | ||||||
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タイトル | DIENELACTONE HYDROLASE AT 2.8 ANGSTROMS | ||||||
![]() | DIENELACTONE HYDROLASE | ||||||
![]() | HYDROLYTIC ENZYME / DIENELACTONE HYDROLASE / AROMATIC HYDROCARBON CATABOLISM / SERINE ESTERASE / CARBOXYMETHYLENEBUTENOLIDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Ollis, D.L. / Pathak, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Refined structure of dienelactone hydrolase at 1.8 A. 著者: Pathak, D. / Ollis, D. #1: ![]() タイトル: X-Ray Crystallographic Structure of Dienelactone Hydrolase at 2.8 A 著者: Pathak, D. / Ngai, K.L. / Ollis, D. #2: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Data of Dienelactone Hydrolase from Pseudomonas Sp. B13 著者: Ollis, D.L. / Ngai, K.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 373.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 384 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25543.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: B13 / 遺伝子: CLC D / プラスミド: PDC100 / 遺伝子 (発現宿主): CLC D / 発現宿主: ![]() 参照: PIR: S02022, UniProt: P0A115*PLUS, carboxymethylenebutenolidase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THERE IS MICROHETEROGENEITY AT RESIDUE 123. ONE OF THE RESIDUES IS CYSTEINE AND THE OTHER IS ...THERE IS MICROHETER |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 6.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Pathak, D., (1988) J.Mol.Biol., 204, 435. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1987 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 29488 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 0 /
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.15 / Rfactor Rwork: 0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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