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- PDB-1dii: CRYSTAL STRUCTURE OF P-CRESOL METHYLHYDROXYLASE AT 2.5 A RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dii
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF P-CRESOL METHYLHYDROXYLASE AT 2.5 A RESOLUTION
要素(P-CRESOL METHYLHYDROXYLASE) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOCYTOCHROME / ELECTRON-TRANSFER / FAD / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


4-methylphenol dehydrogenase (hydroxylating) / 4-cresol dehydrogenase (hydroxylating) activity / D-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / lactate catabolic process / D-lactate dehydrogenase activity / FAD binding / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD-linked oxidase, C-terminal / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 ...Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD-linked oxidase, C-terminal / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / HEME C / 4-cresol dehydrogenase [hydroxylating] cytochrome c subunit / 4-cresol dehydrogenase [hydroxylating] flavoprotein subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cunane, L.M. / Chen, Z.W. / Shamala, N. / Mathews, F.S. / Cronin, C.N. / McIntire, W.S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structures of the flavocytochrome p-cresol methylhydroxylase and its enzyme-substrate complex: gated substrate entry and proton relays support the proposed catalytic mechanism.
著者: Cunane, L.M. / Chen, Z.W. / Shamala, N. / Mathews, F.S. / Cronin, C.N. / McIntire, W.S.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Three-dimensional Structure of p-Cresol Methylhydroxylase (Flavocytochrome c) from Pseudomonas putida at 3.0 A Resolution
著者: Mathews, F.S. / Chen, Z.W. / Bellamy, H. / McIntire, W.S.
履歴
登録1999年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-CRESOL METHYLHYDROXYLASE
C: P-CRESOL METHYLHYDROXYLASE
B: P-CRESOL METHYLHYDROXYLASE
D: P-CRESOL METHYLHYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,11410
ポリマ－133,2354
非ポリマー2,8796
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16750 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area38320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.3, 130.6, 74.1
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A FLAVOPROTEIN DIMER RELATED BY A MOLECULAR 2-FOLD AXIS. TWO CYTOCHROME SUBUNITS ARE BOUND ON THE PERIPHERY OF THE FLAVOPROTEIN DIMER.

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 P-CRESOL METHYLHYDROXYLASE / PCMH


分子量: 58005.965 Da / 分子数: 2 / 断片: FLAVOPROTEIN SUBUNIT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas putida (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 株: NCIMB 9869 / 参照: UniProt: P09788, EC: 1.17.99.1
#2: タンパク質 P-CRESOL METHYLHYDROXYLASE / PCMH


分子量: 8611.642 Da / 分子数: 2 / 断片: CYTOCHROME SUBUNIT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas putida (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 株: NCIMB 9869 / 参照: UniProt: P09787, EC: 1.17.99.1

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非ポリマー , 4種, 391分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7
詳細: PEG 8000, NA/K PHOSPHATE, NACL, pH 7.0, LIQUID DIFFUSION, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 58 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: or interface diffusion
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
28 %PEG80001reservoir
350 mMphosphate1reservoir
40.1 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1990年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 47875 / Num. obs: 42484 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 41.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.7 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / % possible all: 87
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
CNS精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 4282 -RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.172 42435 88.4 %-
all-47875 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9226 0 194 385 9805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.74
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.8
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.86 Å / Rfactor Rfree: 0.331 / Rfactor Rwork: 0.287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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