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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1die | ||||||
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タイトル | OBSERVATIONS OF REACTION INTERMEDIATES AND THE MECHANISM OF ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE | ||||||
![]() | D-XYLOSE ISOMERASE | ||||||
![]() | ISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Collyer, C.A. / Viehmann, H. / Goldberg, J.D. / Blow, D.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Observations of reaction intermediates and the mechanism of aldose-ketose interconversion by D-xylose isomerase. 著者: Collyer, C.A. / Blow, D.M. #1: ![]() タイトル: Mechanism for Aldose-Ketose Interconversion by D-Xylose Isomerase Involving Ring Opening Followed by a 1,2-Hydride Shift 著者: Collyer, C.A. / Henrick, K. / Blow, D.M. #2: ![]() タイトル: Structures of D-Xylose Isomerase from Arthrobacter Strain B3728 Containing the Inhibitors Xylitol and D-Sorbitol at 2.5 Angstroms and 2.3 Angstroms Resolution, Respectively 著者: Henrick, K. / Collyer, C.A. / Blow, D.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE TWO SHEETS PRESENTED AS *BAA* AND *BAB* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY EIGHT- ...SHEET THE TWO SHEETS PRESENTED AS *BAA* AND *BAB* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY EIGHT-STRANDED BETA-BARRELS. EACH IS REPRESENTED BY A NINE-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 175.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES PRO A 186 AND PRO B 186 ARE CIS PROLINES. | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.8849, -0.0638, 0.4615), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43209.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.93 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.5→10 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.55 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 31966 / Rfactor obs: 0.151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |