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万見
- PDB-1dhg: HG-SUBSTITUTED DESULFOREDOXIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dhg
タイトルHG-SUBSTITUTED DESULFOREDOXIN
要素PROTEIN (DESULFOREDOXIN)
キーワードELECTRON TRANSPORT / RUBREDOXIN TYPE PROTEIN
機能・相同性Desulforedoxin / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain superfamily / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain / iron ion binding / : / Desulforedoxin
機能・相同性情報
生物種Desulfovibrio gigas (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Archer, M. / Carvalho, A.L. / Teixeira, S. / Moura, I. / Moura, J.J.G. / Rusnak, F. / Romao, M.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Structural studies by X-ray diffraction on metal substituted desulforedoxin, a rubredoxin-type protein.
著者: Archer, M. / Carvalho, A.L. / Teixeira, S. / Moura, I. / Moura, J.J. / Rusnak, F. / Romao, M.J.
履歴
登録1999年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (DESULFOREDOXIN)
B: PROTEIN (DESULFOREDOXIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0164
ポリマ－7,6152
非ポリマー4012
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area3910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.900, 27.900, 130.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.93226, -0.24064, -0.27016), (-0.23546, -0.1634, 0.95805), (-0.27469, 0.95676, 0.09567)
ベクター: 46.89063, -24.97602, 33.53525)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PROTEIN (DESULFOREDOXIN)


分子量: 3807.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MERCURY SUBSTITUTED
由来: (組換発現) Desulfovibrio gigas (バクテリア)
細胞内の位置: CYTOPLASM / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): DSR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00273
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.32 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
330 %ethanol1reservoir
40.1 Msodium acetate1reservoir
50.2 M1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→23.5 Å / Num. obs: 2199 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 11.4 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 3.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 23.5 Å / % possible obs: 94.1 % / Num. measured all: 25156 / Rmerge(I) obs: 0.103
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.59 Å / % possible obs: 93.1 % / Rmerge(I) obs: 0.359

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DXG

1dxg


解像度: 2.5→23.5 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rwork0.182 --
all-2199 -
obs-2199 94.1 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→23.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数522 0 2 13 537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.61
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 23.5 Å / Rfactor obs: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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