PDB-1dgo: SOLUTION STRUCTURE OF A URACIL CONTAINING HAIRPIN DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dgo

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF A URACIL CONTAINING HAIRPIN DNA

要素

URACIL CONTAINING HAIRPIN DNA

キーワード

DNA / Uracil / Hairpin DNA / Hairpin loop / Double helix / UDG-Uracil interaction

機能・相同性

DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / Restrained molecular dynamics, Energy minimization.

データ登録者

Ghosh, M. / Kumar, N.V. / Varshney, U. / Chary, K.V.R.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000
タイトル: Structural basis for uracil DNA glycosylase interaction with uracil: NMR study.
著者: Ghosh, M. / Vinay Kumar, N. / Varshney, U. / Chary, K.V.

履歴

登録	1999年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dgo.cif.gz	107.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dgo.ent.gz	86.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dgo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1dgo_validation.pdf.gz	311.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1dgo_full_validation.pdf.gz	339.6 KB	表示
XML形式データ	1dgo_validation.xml.gz	5.1 KB	表示
CIF形式データ	1dgo_validation.cif.gz	8.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/1dgo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/1dgo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1qe7
類似構造データ	1ii1-d 1pdt-d 6dxm-d 5emf-d 1bzt-d 2ktt-d 358d-d 316d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: URACIL CONTAINING HAIRPIN DNA

5.48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	9 / 200	structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	zero violations and lowest energy

#1: DNA鎖	URACIL CONTAINING HAIRPIN DNA 分子量: 5483.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Custom made by Ransom Hill Biosciences, Inc.,Ramona CA (USA)

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	E-COSY
2	3	2	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

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試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	5 mM oligo; no buffer; pH = 7.0 Temp = 305K; 99% D2O	99% D2O
2	5 mM oligo; no buffer; pH = 7.0 Temp = 305K; 90% H20 +10% D2O	90% H20 +10% D2O

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	7	1 atm	305 K
2	7	1 atm	295 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	600	1
Bruker AMX	Bruker	AMX	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1	varian	collection
Discover	97	MSI	構造決定
VNMR	6.1	varian	データ解析
UXNMR	3	Bruker	collection
Felix	97	MSI	解析
Felix	97	MSI	データ解析
Discover	97	MSI	精密化

精密化

手法: Restrained molecular dynamics, Energy minimization. / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 225 restraints, 145 are NOE-derived distance constraints, 64 dihedral aangle restraints, 16 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: zero violations and lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 9

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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