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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dgl | |||||||||
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タイトル | LECTIN FROM DIOCLEA GRANDIFLORA COMPLEXED TO TRIMANNOSIDE | |||||||||
要素 | LECTIN | |||||||||
キーワード | LECTIN / SACCHARIDE BINDING / TRIMANNOSIDE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-mannose binding / toxin activity / carbohydrate binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Dioclea grandiflora (マメ科) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Rozwarski, D.A. / Swami, B.M. / Brewer, C.F. / Sacchettini, J.C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of the lectin from Dioclea grandiflora complexed with core trimannoside of asparagine-linked carbohydrates. 著者: Rozwarski, D.A. / Swami, B.M. / Brewer, C.F. / Sacchettini, J.C. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996 タイトル: Structural Basis of Trimannoside Recognition by Concanavalin A 著者: Naismith, J.H. / Field, R.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dgl.cif.gz | 108.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dgl.ent.gz | 84.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dgl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dgl_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dgl_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1dgl_validation.xml.gz | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dgl_validation.cif.gz | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/1dgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/1dgl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5cnaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.496, 0.864, -0.087), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25572.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TRIMANNOSIDE COMPLEX / 由来: (天然) Dioclea grandiflora (マメ科) / 参照: UniProt: P08902 #2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.2 / 詳細: pH 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年6月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→10 Å / Num. obs: 29915 / % possible obs: 74 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 23 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 26679 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 70.5 % / 冗長度: 3.4 % / Num. unique obs: 4349 / Rmerge(I) obs: 0.214 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5CNA 解像度: 2.4→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 26679 / Rfactor obs: 0.182 / Rfactor Rfree: 0.247 / 最高解像度: 2.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.338 / Num. reflection obs: 4349 / Rfactor obs: 0.28 |