PDB-1dg2: SOLUTION CONFORMATION OF A-CONOTOXIN AUIB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dg2

タイトル

SOLUTION CONFORMATION OF A-CONOTOXIN AUIB

要素

A-CONOTOXIN AUIB

キーワード

TOXIN / A-HELIX / TWO DISULFIDE BONDS AND C-TERM AMIDATION

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Conus aulicus (ツボイモ)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Cho, J.-H. / Mok, K.H. / Olivera, B.M. / McIntosh, J.M. / Park, K.-H. / Han, K.-H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Nuclear magnetic resonance solution conformation of alpha-conotoxin AuIB, an alpha(3)beta(4) subtype-selective neuronal nicotinic acetylcholine receptor antagonist.
著者: Cho, J.H. / Mok, K.H. / Olivera, B.M. / McIntosh, J.M. / Park, K.H. / Han, K.H.

履歴

登録	1999年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年2月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dg2.cif.gz	70.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dg2.ent.gz	46.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dg2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/1dg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/1dg2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1xga-d 2mih-d 7bz9-d 2i28-d 1mxn-d 2mg6-d 1mxp-d 2ifz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: A-CONOTOXIN AUIB

1.58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	BACK CALCULATED DATA AGREE WITH EXPERIMENTAL NOESY SPECTRUM,STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY
代表モデル	モデル #10	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	A-CONOTOXIN AUIB 分子量: 1575.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / 由来: (天然) Conus aulicus (ツボイモ) / Secretion: VENOM OF CONUS AULICUS / 参照: UniProt: P56640
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	PE-COSY
2	3	2	P-COSY
1	4	1	TOCSY
2	5	2	ROESY

NMR実験の詳細

Text: NONE

-
試料調製

詳細

内容: 6MM A-CONOTOXIN AUIB

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	0.01	4.1	1 atm	278 K
2	0.01	4.1	1 atm	298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian UNITY	Varian	UNITY	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1	VARIAN	collection
Discover	2.9.7	MSI	構造決定
Discover	2.9.7	MSI	精密化

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: BACK CALCULATED DATA AGREE WITH EXPERIMENTAL NOESY SPECTRUM,STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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