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万見
- PDB-1dfj: RIBONUCLEASE INHIBITOR COMPLEXED WITH RIBONUCLEASE A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dfj
タイトルRIBONUCLEASE INHIBITOR COMPLEXED WITH RIBONUCLEASE A
要素
  • RIBONUCLEASE A
  • RIBONUCLEASE INHIBITOR
キーワードCOMPLEX (ENDONUCLEASE/INHIBITOR) / COMPLEX (RIBONUCLEASE-INHIBITOR) / RIBONUCLEASE / HYDROLASE / LEUCINE-RICH REPEATS / COMPLEX (ENDONUCLEASE-INHIBITOR) COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease inhibitor activity / angiogenin-PRI complex / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / regulation of angiogenesis / cell migration / lamellipodium / nucleic acid binding ...ribonuclease inhibitor activity / angiogenin-PRI complex / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / regulation of angiogenesis / cell migration / lamellipodium / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease inhibitor, leucine rich repeat cap / Capping Ribonuclease inhibitor Leucine Rich Repeat / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe ...Ribonuclease inhibitor, leucine rich repeat cap / Capping Ribonuclease inhibitor Leucine Rich Repeat / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease inhibitor / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kobe, B. / Deisenhofer, J.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: A structural basis of the interactions between leucine-rich repeats and protein ligands.
著者: Kobe, B. / Deisenhofer, J.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Mechanism of Ribonuclease Inhibition by Ribonuclease Inhibitor Protein Based on the Crystal Structure of its Complex with Ribonuclease A
著者: Kobe, B. / Deisenhofer, J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Complex between Bovine Ribonuclease A and Porcine Ribonuclease Inhibitor Crystallizes in a Similar Unit Cell as Free Ribonuclease Inhibitor
著者: Kobe, B. / Ma, Z. / Deisenhofer, J.
履歴
登録1996年6月29日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: RIBONUCLEASE A
I: RIBONUCLEASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8973
ポリマ－62,8002
非ポリマー961
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.300, 133.300, 86.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE A / RNASE A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: PANCREAS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: タンパク質 RIBONUCLEASE INHIBITOR / RNASE INHIBITOR / RIBONUCLEASE/ANGIOGENIN INHIBITOR


分子量: 49092.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURCHASED FROM SIGMA (TYPE XII-A) / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: LIVER / 参照: UniProt: P10775
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.88 %
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 7 / 手法: unknown / 詳細: Kobe, B., (1994) J.Mol.Biol., 241, 288.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.3 Mammonium salfate1reservoir
2100 mMsodium acetate1reservoir
320 mMDTT1reservoir
422 mg/mlRI1drop
516 mMpotassium phosphate1drop
616 mMDTT1drop
75.6 mg/mlRNase A1drop

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 18859 / % possible obs: 71.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 111046

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.5→40 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rwork0.194 -
obs0.194 18859
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å / Luzzati sigma a obs: 0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4365 0 0 51 4416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.826
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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