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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dff | ||||||
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タイトル | PEPTIDE DEFORMYLASE | ||||||
![]() | PEPTIDE DEFORMYLASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / ZINC METALLOPROTEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() co-translational protein modification / peptide deformylase / peptide deformylase activity / ferrous iron binding / ribosome binding / hydrolase activity / translation / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Chan, M.K. / Gong, W. / Rajagopalan, P.T.R. / Hao, B. / Tsai, C.M. / Pei, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the Escherichia coli peptide deformylase. 著者: Chan, M.K. / Gong, W. / Rajagopalan, P.T. / Hao, B. / Tsai, C.M. / Pei, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 363.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 368.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18797.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: THE DETAILS OF THE EXPRESSION MAY BE FOUND IN BIOCHEMISTRY 36, 13910 (1997) プラスミド: PET-22B / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.88 Å / Num. obs: 4903 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.091 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 73018 / Rmerge(I) obs: 0.091 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.88→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.88→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.88→3.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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