PDB-1df6: 1H NMR SOLUTION STRUCTURE OF CYCLOVIOLACIN O1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1df6

タイトル

1H NMR SOLUTION STRUCTURE OF CYCLOVIOLACIN O1

要素

CYCLOVIOLACIN O1

キーワード

PLANT PROTEIN / CYCLIC CYSTINE KNOT / BACKBONE CYCLIC / 3-10 HELIX / DOUBLE-STRANDED ANTI- PARALLEL BETA-SHEET / HAIRPIN BENDS / LOOPS

機能・相同性

Cyclotide, bracelet, conserved site / Cyclotides bracelet subfamily signature. / Cyclotides profile. / Cyclotide / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / defense response / Cycloviolacin-O1

機能・相同性情報

生物種

Viola odorata (ニオイスミレ)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Craik, D.J. / Daly, N.L. / Bond, T. / Waine, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Plant cyclotides: A unique family of cyclic and knotted proteins that defines the cyclic cystine knot structural motif.
著者: Craik, D.J. / Daly, N.L. / Bond, T. / Waine, C.

履歴

登録	1999年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1df6.cif.gz	134.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1df6.ent.gz	108.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1df6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/1df6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/1df6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2eri-d 2msq-d 2kcg-d 2bbp-d 5xiv-d 2kux-d 2gj0-d 2nde-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CYCLOVIOLACIN O1

3.14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	16 / 50	STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #16	fewest violations,lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	CYCLOVIOLACIN O1 分子量: 3141.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: LEAVES, STEMS AND FLOWERS / 由来: (天然) Viola odorata (ニオイスミレ) / 参照: UniProt: P82230
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	TOCSY
1	4	2	E-COSY
1	5	2	2D NOESY
1	6	2	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容
1	1.6MM CYCLOVIOLACIN O1 1H
2	1.6MM CYCLOVIOLACIN O1 1H

試料状態

pH: 3.6 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	1.3	BRUKER	collection
XwinNMR	1.3	BRUKER	データ解析
XwinNMR	1.3	BRUKER	解析
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR	3.1	BRUNGER	構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES WERE GENERATED USING 564 INTER-PROTON DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM 230 INTRA-RESIDUAL, 141 SEQUENTIAL, 108 MEDIUM RANGE AND 85 LONG RANGE NOE INTENSITIES. THESE DISTANCE ...

代表構造

選択基準: fewest violations,lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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