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- PDB-1df3: SOLUTION STRUCTURE OF A RECOMBINANT MOUSE MAJOR URINARY PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1df3
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF A RECOMBINANT MOUSE MAJOR URINARY PROTEIN
要素MAJOR URINARY PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / LIPOCALIN / CARRIER PROTEIN / PHEROMONE / 8-STRANDED BETA-BARREL / BINDING POCKET / DISULFIDE BRIDGE (64-157) / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pheromone binding / positive regulation of lipid metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / positive regulation of glucose metabolic process / energy reserve metabolic process / insulin receptor activity / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / heat generation / small molecule binding ...pheromone binding / positive regulation of lipid metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / positive regulation of glucose metabolic process / energy reserve metabolic process / insulin receptor activity / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / heat generation / small molecule binding / locomotor rhythm / negative regulation of lipid storage / negative regulation of gluconeogenesis / aerobic respiration / mitochondrion organization / glucose homeostasis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / extracellular space / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Major urinary protein / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major urinary protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION
データ登録者Luecke, C. / Franzoni, L. / Abbate, F. / Loehr, F. / Ferrari, E. / Sorbi, R.T. / Rueterjans, H. / Spisni, A.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999
タイトル: Solution structure of a recombinant mouse major urinary protein.
著者: Lucke, C. / Franzoni, L. / Abbate, F. / Lohr, F. / Ferrari, E. / Sorbi, R.T. / Ruterjans, H. / Spisni, A.
#1: ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 1999
タイトル: Letter To the Editor: Complete 1H, 15N and 13C Assignment of a Recombinant Mouse Major Urinary Protein
著者: Abbate, F. / Franzoni, L. / Loehr, F. / Luecke, C. / Ferrari, E. / Sorbi, R.T. / Rueterjans, H. / Spisni, A.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1997
タイトル: Expression of a Lipocalin in Pichia pastoris: Secretion, Purification and Binding Activity of a Recombinant Mouse Major Urinary Protein
著者: Ferrari, E. / Lodi, T. / Sorbi, R.T. / Tirindelli, R. / Cavaggioni, A. / Spisni, A.
履歴
登録1999年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR URINARY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7341
ポリマ－18,7341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 MAJOR URINARY PROTEIN / MUP


分子量: 18733.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: LIVER / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P11589
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA, HN(CO)CA, HNCO, (HCA)CO(CA)NH, HCACO
121H(N)CA,CO, HN(CA)CB, HBHA(CC)(CO)NH, CC(CO)NH-TOCSY
131H(C)CH-TOCSY, (H)CB(CGC)CH-TOCSY, 3D 15N EDITED NOESY HSQC
1413D 13C EDITED NOESY HSQC, 1H 15N HSQC, 1H 13C HSQC
NMR実験の詳細Text: SPIN-SYSTEM HETEROGENEITIES DETECTED

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試料調製

詳細内容: UNIFORMLY 15N- AND 13C/15N-LABELLED RECOMBINANT MUP FROM MOUSE; 10MM PHOSPHATE BUFFER
試料状態イオン強度: 10mM PHOSPHATE / pH: 7.2 / 圧: AMBIENT / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR1.3BRUKERcollection
AURELIA2.5.9BRUKERデータ解析
DYANA1.5GUENTERT構造決定
Discover97MSI精密化
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2432 DISTANCE RESTRAINTS (481 INTRARESIDUAL, 580 SEQUENTIAL, 410 MEDIUM RANGE, 891 LONG RANGE AND 70 HYDROGEN BOND)
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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