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- PDB-1deu: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PROCATHEPSIN X: A CYSTEINE PROTEASE WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1deu
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PROCATHEPSIN X: A CYSTEINE PROTEASE WITH THE PROREGION COVALENTLY LINKED TO THE ACTIVE SITE CYSTEINE
要素PROCATHEPSIN X
キーワードHYDROLASE / CYSTEINE PROTEASE / PROCATHEPSIN X / PROREGION / PROSEGMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin X / cysteine-type carboxypeptidase activity / negative regulation of plasminogen activation / Cargo concentration in the ER / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / COPII-mediated vesicle transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity ...cathepsin X / cysteine-type carboxypeptidase activity / negative regulation of plasminogen activation / Cargo concentration in the ER / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / COPII-mediated vesicle transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cysteine-type peptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / specific granule lumen / : / growth cone / cytoplasmic vesicle / cell cortex / ficolin-1-rich granule lumen / lysosome / endoplasmic reticulum lumen / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / cell surface / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cathepsin Z / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Cathepsin Z / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sivaraman, J. / Nagler, D.K. / Zhang, R. / Menard, R. / Cygler, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of human procathepsin X: a cysteine protease with the proregion covalently linked to the active site cysteine.
著者: Sivaraman, J. / Nagler, D.K. / Zhang, R. / Menard, R. / Cygler, M.
履歴
登録1999年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROCATHEPSIN X
B: PROCATHEPSIN X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3692
ポリマ－62,3692
非ポリマー00
水7,710428
1
A: PROCATHEPSIN X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1851
ポリマ－31,1851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROCATHEPSIN X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1851
ポリマ－31,1851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: PROCATHEPSIN X

B: PROCATHEPSIN X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3692
ポリマ－62,3692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_664-y+1,x-y+1,z-1/31
Buried area3940 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.820, 84.820, 169.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 PROCATHEPSIN X


分子量: 31184.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBR2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 300 mM (NH4)2SO4, 12% PEG4000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110.7 mg/mlprotein1drop
2300 mMammonium sulfate1reservoir
312 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.007
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45 Å / Num. all: 521645 / Num. obs: 82047 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0.3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Num. unique all: 7673 / % possible all: 90.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 521645
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
Adxvdata processing
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Cathepsin B (PDB code 1HUC), Reference: Musil et al EMBO.J 1991, 10, 2321-2330

1huc


解像度: 1.7→45 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1849 2.5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all-82047 --
obs-74610 95.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.26 Å2 / ksol: 0.396221 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4193 0 0 428 4621
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.082.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 270 2.4 %
Rwork0.248 10758 -
obs--85.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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