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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1deu | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PROCATHEPSIN X: A CYSTEINE PROTEASE WITH THE PROREGION COVALENTLY LINKED TO THE ACTIVE SITE CYSTEINE | ||||||
![]() | PROCATHEPSIN X | ||||||
![]() | HYDROLASE / CYSTEINE PROTEASE / PROCATHEPSIN X / PROREGION / PROSEGMENT | ||||||
機能・相同性 | ![]() cathepsin X / negative regulation of plasminogen activation / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / cysteine-type peptidase activity ...cathepsin X / negative regulation of plasminogen activation / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / cysteine-type peptidase activity / carboxypeptidase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proteolysis involved in protein catabolic process / specific granule lumen / cell cortex / cytoplasmic vesicle / collagen-containing extracellular matrix / ficolin-1-rich granule lumen / lysosome / endoplasmic reticulum lumen / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sivaraman, J. / Nagler, D.K. / Zhang, R. / Menard, R. / Cygler, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human procathepsin X: a cysteine protease with the proregion covalently linked to the active site cysteine. 著者: Sivaraman, J. / Nagler, D.K. / Zhang, R. / Menard, R. / Cygler, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1hucS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31184.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 300 mM (NH4)2SO4, 12% PEG4000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.007 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→45 Å / Num. all: 521645 / Num. obs: 82047 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0.3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Num. unique all: 7673 / % possible all: 90.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 521645 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Cathepsin B (PDB code 1HUC), Reference: Musil et al EMBO.J 1991, 10, 2321-2330 解像度: 1.7→45 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.26 Å2 / ksol: 0.396221 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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