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- PDB-1ddy: MOLECULAR RECOGNITION BY THE VITAMIN B12 RNA APTAMER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ddy
タイトルMOLECULAR RECOGNITION BY THE VITAMIN B12 RNA APTAMER
要素VITAMIN B12 BINDING RNA
キーワードRNA / TRIPLEX / VITAMIN B12 / APTAMER
機能・相同性COBALAMIN / METHYLAMINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / MAD PHASING / 解像度: 3 Å
データ登録者Sussman, D. / Nix, J.C. / Wilson, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: The structural basis for molecular recognition by the vitamin B 12 RNA aptamer.
著者: Sussman, D. / Nix, J.C. / Wilson, C.
履歴
登録1999年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月28日Group: Advisory
改定 1.42012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VITAMIN B12 BINDING RNA
C: VITAMIN B12 BINDING RNA
E: VITAMIN B12 BINDING RNA
G: VITAMIN B12 BINDING RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,56912
ポリマ－45,1234
非ポリマー5,4468
水00
1
A: VITAMIN B12 BINDING RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6423
ポリマ－11,2811
非ポリマー1,3612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: VITAMIN B12 BINDING RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6423
ポリマ－11,2811
非ポリマー1,3612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: VITAMIN B12 BINDING RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6423
ポリマ－11,2811
非ポリマー1,3612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: VITAMIN B12 BINDING RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6423
ポリマ－11,2811
非ポリマー1,3612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.330, 161.880, 100.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

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要素

#1: RNA鎖
VITAMIN B12 BINDING RNA


分子量: 11280.819 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: SEQUENCE RESULTS FROM IN VITRO SELECTION EXPERIMENTS
#2: 化合物
ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#3: 化合物
ChemComp-NME / METHYLAMINE / アミノメタントリイルラジカル


分子量: 31.057 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.25 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: LICL, ISOPROPANOL, MGCL2, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1LICL11
2MGCL211
3ISOPROPANOL11
4ISOPROPANOL12
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 詳細: Sussman, D., (1999) Acta Cryst., D55, 326.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 %2-propanol1reservoir
215 mM1reservoirMgCl2
320 mMK-PIPES1reservoir
40.5 mM1reservoirBaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1.6047,1.6057,1.5842
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.60471
21.60571
31.58421
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 40156 / Num. obs: 40156 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.85 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.469 / Rsym value: 0.195 / % possible all: 80
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MAD PHASING / 解像度: 3→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high rms absF: 3943390.88 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
詳細: FOR CONSISTENCY, SUGARS PUCKERS WERE RESTRAINED TO THE A-RNA C3'-ENDO CONFORMATION. THIS MIGHT CONTRIBUTE TO THE HIGH RMSD FROM IDEAL VALUES OF IMPROPER ANGLES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 663 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.204 13252 87.9 %-
all-16492 --
原子変位パラメータBiso mean: 26.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.23 Å20 Å20 Å2
2---21.17 Å20 Å2
3---5.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3004 372 0 3376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d14.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d3.06
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 119 5.9 %
Rwork0.283 1886 -
obs--81 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA_REP_JHC.PARAM&_1_TOP_1
X-RAY DIFFRACTION2B12.PARAM&_1_TOP_2
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM&_1_TOP_3
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 12 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.207 / Rfactor Rfree: 0.248
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg14.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg3.06
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.322 / % reflection Rfree: 5.9 % / Rfactor Rwork: 0.283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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