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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dcd | ||||||
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タイトル | DESULFOREDOXIN COMPLEXED WITH CD2+ | ||||||
要素 | PROTEIN (DESULFOREDOXIN) | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / RUBREDOXIN TYPE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Desulforedoxin / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain superfamily / Desulfoferrodoxin, N-terminal domain / iron ion binding / : / Desulforedoxin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Desulfovibrio gigas (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Archer, M. / Carvalho, A.L. / Teixeira, S. / Romao, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999 タイトル: Structural studies by X-ray diffraction on metal substituted desulforedoxin, a rubredoxin-type protein. 著者: Archer, M. / Carvalho, A.L. / Teixeira, S. / Moura, I. / Moura, J.J. / Rusnak, F. / Romao, M.J. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Crystal structure of desulforedoxin from Desulfovibrio gigas determined at 1.8 A resolution: a novel non-heme iron protein structure. 著者: Archer, M. / Huber, R. / Tavares, P. / Moura, I. / Moura, J.J. / Carrondo, M.A. / Sieker, L.C. / LeGall, J. / Romao, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dcd.cif.gz | 25.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dcd.ent.gz | 16.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dcd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dcd_validation.pdf.gz | 371.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dcd_full_validation.pdf.gz | 371 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dcd_validation.xml.gz | 2.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dcd_validation.cif.gz | 4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/1dcd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/1dcd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.939027, -0.226955, -0.258303), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3807.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfovibrio gigas (バクテリア) 細胞内の位置: CYTOPLASM / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): DSR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00273 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 詳細: 30% ETHANOL, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5, 0.2 M CACL2, pH 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→14.8 Å / Num. all: 4403 / Num. obs: 4403 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.432 / % possible all: 96.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 28142 / Rmerge(I) obs: 0.115 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.4 % / Rmerge(I) obs: 0.359 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DXG 解像度: 2→14.8 Å / Num. parameters: 2325 / Num. restraintsaints: 2656 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: GEOMETRIC RESTRAINTS WERE APPLIED TO THE METAL CENTER (DFIX CD S 2.55 A)
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 576 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→14.8 Å
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拘束条件 |
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