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- PDB-1dbv: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE MUTANT WITH ASP 32 REPLA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dbv
タイトルGLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE MUTANT WITH ASP 32 REPLACED BY GLY, LEU 187 REPLACED BY ALA, AND PRO 188 REPLACED BY SER COMPLEXED WITH NAD+
要素GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD(P) SELECTIVITY
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Didierjean, C. / Rahuel-Clermont, S. / Vitoux, B. / Dideberg, O. / Branlant, G. / Aubry, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: A crystallographic comparison between mutated glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenases from Bacillus stearothermophilus complexed with either NAD+ or NADP+.
著者: Didierjean, C. / Rahuel-Clermont, S. / Vitoux, B. / Dideberg, O. / Branlant, G. / Aubry, A.
#1: ジャーナル: Gene / 年: 1989
タイトル: Nucleotide Sequence Determination of the DNA Region Coding for Bacillus Stearothermophilus Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase and of the Flanking DNA Regions Required for its ...タイトル: Nucleotide Sequence Determination of the DNA Region Coding for Bacillus Stearothermophilus Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase and of the Flanking DNA Regions Required for its Expression in Escherichia Coli
著者: Branlant, C. / Oster, T. / Branlant, G.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Structure of Holo-Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Bacillus Stearothermophilus at 1.8 A Resolution
著者: Skarzynski, T. / Moody, P.C. / Wonacott, A.J.
履歴
登録1996年12月20日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
P: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
Q: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
R: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,94616
ポリマ－143,5244
非ポリマー3,42212
水6,918384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21820 Å2
ΔGint-254 kcal/mol
Surface area42130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.950, 124.680, 82.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.325947, 0.115931, 0.938253), (0.133675, -0.97683, 0.167135), (0.93589, 0.179898, 0.302898)-37.0971, -5.1263, 27.349
2given(-0.993286, -0.115464, 0.007071), (-0.11498, 0.978708, -0.170028), (0.012711, -0.169699, -0.985414)-7.7745, 5.3026, 68.0785
3given(0.316346, 0.007736, -0.948612), (0.003445, -0.99997, -0.007006), (-0.948638, -0.001052, -0.316363)30.0126, 0.3197, 41.4437

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要素

#1: タンパク質
GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE / GAPDH


分子量: 35880.895 Da / 分子数: 4 / 変異: D32G, L187A, P188S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH NAD+
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: GAP / 遺伝子 (発現宿主): BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DF221
参照: UniProt: P00362, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
解説: THE MUTANT CRYSTALS ARE ISOMORPHOUS TO THE CRYSTALS OF THE WILD-TYPE HOLOENZYME (PDB ENTRY 1GD1).
結晶化pH: 6.9 / 詳細: pH 6.9
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17 mg/mlprotein1drop
22 Mammonium sulfate1drop
330 mMNAD(P)+1drop
450 mMphosphate1drop
51 mMEDTA1drop
61 mMdithiothreitol1drop
72.5 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2020 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→15 Å / Num. obs: 45468 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.07
反射
*PLUS
% possible obs: 81 % / Rmerge(I) obs: 0.068

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 4344 8.1 %RANDOM
Rwork0.14 ---
obs0.14 43095 80.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10068 0 216 384 10668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.48
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 489 7.4 %
Rwork0.201 4327 -
obs--72.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.NADTOPO.NAD
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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