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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dbv | ||||||
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タイトル | GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE MUTANT WITH ASP 32 REPLACED BY GLY, LEU 187 REPLACED BY ALA, AND PRO 188 REPLACED BY SER COMPLEXED WITH NAD+ | ||||||
![]() | GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NAD(P) SELECTIVITY | ||||||
機能・相同性 | ![]() glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Didierjean, C. / Rahuel-Clermont, S. / Vitoux, B. / Dideberg, O. / Branlant, G. / Aubry, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A crystallographic comparison between mutated glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenases from Bacillus stearothermophilus complexed with either NAD+ or NADP+. 著者: Didierjean, C. / Rahuel-Clermont, S. / Vitoux, B. / Dideberg, O. / Branlant, G. / Aubry, A. #1: ![]() タイトル: Nucleotide Sequence Determination of the DNA Region Coding for Bacillus Stearothermophilus Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase and of the Flanking DNA Regions Required for its ...タイトル: Nucleotide Sequence Determination of the DNA Region Coding for Bacillus Stearothermophilus Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase and of the Flanking DNA Regions Required for its Expression in Escherichia Coli 著者: Branlant, C. / Oster, T. / Branlant, G. #2: ![]() タイトル: Structure of Holo-Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Bacillus Stearothermophilus at 1.8 A Resolution 著者: Skarzynski, T. / Moody, P.C. / Wonacott, A.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 265.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 216.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 52.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35880.895 Da / 分子数: 4 / 変異: D32G, L187A, P188S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH NAD+ 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: GAP / 遺伝子 (発現宿主): BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P00362, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-NAD / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 % 解説: THE MUTANT CRYSTALS ARE ISOMORPHOUS TO THE CRYSTALS OF THE WILD-TYPE HOLOENZYME (PDB ENTRY 1GD1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.9 / 詳細: pH 6.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2020 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→15 Å / Num. obs: 45468 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.07 |
反射 | *PLUS % possible obs: 81 % / Rmerge(I) obs: 0.068 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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