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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dbt | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE FROM BACILLUS SUBTILIS COMPLEXED WITH UMP | ||||||
![]() | OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE | ||||||
![]() | LYASE / DECARBOXYLASE / UMP / TIM BARREL | ||||||
機能・相同性 | ![]() orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Appleby, T.C. / Kinsland, C.L. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure and mechanism of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase. 著者: Appleby, T.C. / Kinsland, C. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 541.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 544.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26024.064 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P25971, orotidine-5'-phosphate decarboxylase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 18% (W/V) PEG 4000, 100MM HEPES PH 7.1, 5% 2-PROPANOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03321 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 29779 / Num. obs: 29779 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Rsym value: 0.234 / % possible all: 98.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 177412 / Rmerge(I) obs: 0.088 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.5 % / Rmerge(I) obs: 0.234 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: NATIVE DATA USED TO REFINE MODEL GENERATED FROM MAD PHASES
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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