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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dbr | ||||||
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タイトル | HYPOXANTHINE GUANINE XANTHINE | ||||||
要素 | HYPOXANTHINE GUANINE XANTHINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / PURINE SALVAGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage ...xanthine phosphoribosyltransferase / XMP salvage / xanthine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Schumacher, M.A. / Carter, D. / Roos, D. / Ullman, B. / Brennan, R.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: Crystal structures of Toxoplasma gondii HGXPRTase reveal the catalytic role of a long flexible loop. 著者: Schumacher, M.A. / Carter, D. / Ross, D.S. / Ullman, B. / Brennan, R.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dbr.cif.gz | 193.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dbr.ent.gz | 154.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dbr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/1dbr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/1dbr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE ENTRY CONTAINS FOUR MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE CHAINS ARE IDENTIFIED AS A, B, C, AND D. THE N-TERMINAL METHIONINE IS CLEAVED IN THE RECOMBINANT PROTEIN. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26522.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: APO FORM 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q26997 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8.45 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 37403 / % possible obs: 90 % / Num. measured all: 67476 / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.4→10 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.156 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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