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- PDB-1dav: SOLUTION STRUCTURE OF THE TYPE I DOCKERIN DOMAIN FROM THE CLOSTRI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dav
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE TYPE I DOCKERIN DOMAIN FROM THE CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM CELLULOSOME (20 STRUCTURES)
要素ENDOGLUCANASE SS
キーワードHYDROLASE / CELLULOSE DEGRADATION / CELLULOSOME / CALCIUM-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity (reducing end) / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endoglucanase F, domain 2 / Endoglucanase F, domain 3 / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Glycoside hydrolase, 48F / Glycosyl hydrolase family 48 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain ...Endoglucanase F, domain 2 / Endoglucanase F, domain 3 / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Glycoside hydrolase, 48F / Glycosyl hydrolase family 48 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (reducing end) CelS / Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (reducing end) CelS
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Lytle, B.L. / Volkman, B.F. / Westler, W.M. / Heckman, M.P. / Wu, J.H.D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Solution structure of a type I dockerin domain, a novel prokaryotic, extracellular calcium-binding domain.
著者: Lytle, B.L. / Volkman, B.F. / Westler, W.M. / Heckman, M.P. / Wu, J.H.D.
#1: ジャーナル: ARCH.BIOCHEM.BIOPHYS. / 年: 2000
タイトル: Secondary Structure and Calcium-induced Folding of the Clostridium thermocellum Dockerin Domain Determined by NMR Spectroscopy
著者: Lytle, B.L. / Volkman, B.F. / Westler, W.M. / Wu, J.H.D.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1998
タイトル: Involvement of Both Dockerin Subdomains in Assembly of the Clostridium thermocellum Cellulosome
著者: Lytle, B. / Wu, J.H.D.
履歴
登録1999年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR-DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE SS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9393
ポリマ－7,8591
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE SS / CELS


分子量: 7858.770 Da / 分子数: 1 / 断片: TYPE I DOCKERIN DOMAIN (RESIDUES 673-741) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
プラスミド: PCYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P38686, UniProt: P0C2S5*PLUS, cellulase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
1212D NOESY
2322D NOESY
2413D 15N-SEPARATED TOCSY
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED BY STANDARD TECHNIQUES USING UNLABELED AND 15N- LABELED DOCKERIN.

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試料調製

詳細内容: 100MM POTASSIUM CHLORIDE; 20MM CALCIUM CHLORIDE; 90% H2O, 10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100mM KCL 61 atm328 K
2100mM KCL 61 atm328 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DMXBrukerDMX7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5P.GUENTERT, C.MUMENTHALER, K.WUETHRICH精密化
DYANA1.5P.GUENTERT, C.MUMENTHALER, K.WUETHRICH構造決定
Felix95MOLECULAR SIMULATIONS解析
NMRPipeF. DELAGALIO, S. GRZESIEK, G. VUISTER, G. ZHU, J. PFEIFER, A. BAX解析
XEASY1.2構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON 728 NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 79 DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS, AND 12 CALCIUM ION RESTRAINTS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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