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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dat | ||||||
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タイトル | CUBIC CRYSTAL STRUCTURE RECOMBINANT HORSE L APOFERRITIN | ||||||
![]() | L FERRITIN | ||||||
![]() | IRON STORAGE / APOFERRITIN / LIGHT CHAIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gallois, B. / Granier, T. / Langlois D'Estaintot, B. / Crichton, R.R. / Roland, F. | ||||||
![]() | ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1997 タイトル: X-ray structure of recombinant horse L-chain apoferritin at 2.0 angstrom resolution: Implications for stability and function. 著者: Gallois, B. / dEstaintot, B.L. / Michaux, M.A. / Dautant, A. / Granier, T. / Precigoux, G. / Soruco, J.A. / Roland, F. / ChavasAlba, O. / Herbas, A. / Crichton, R.R. #1: ![]() タイトル: Structural Investigation of the Complexation Properties between Horse Spleen Apoferritin and Metalloporphyrins 著者: Michaux, M.A. / Dautant, A. / Gallois, B. / Granier, T. / D'Estaintot, B.L. / Precigoux, G. #2: ![]() タイトル: Cloning, Expression and Characterization of Horse L-Ferritin in Escherichia Coli 著者: Takeda, S. / Ohta, M. / Ebina, S. / Nagayama, K. #3: ![]() タイトル: Amino Acid Sequence of Horse Spleen Apoferritin 著者: Heusterspreute, M. / Crichton, R.R. #4: ![]() タイトル: Helix Packing and Subunit Conformation in Horse Spleen Apoferritin 著者: Clegg, G.A. / Stansfield, R.F. / Bourne, P.E. / Harrison, P.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 366.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 367.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ierS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 24||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19856.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月2日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.375 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→16.05 Å / Num. obs: 16993 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.17 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 99.6 |
反射 | *PLUS Num. obs: 16931 / Num. measured all: 179720 / Rmerge(I) obs: 0.096 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.278 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 1IER 解像度: 2.05→8 Å / σ(F): 4 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.15 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.179 / Rfactor Rwork: 0.179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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