PDB-1da9: ANTHRACYCLINE-DNA INTERACTIONS AT UNFAVOURABLE BASE BASE-PAIR TRI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1da9

タイトル

ANTHRACYCLINE-DNA INTERACTIONS AT UNFAVOURABLE BASE BASE-PAIR TRIPLET-BINDING SITES: STRUCTURES OF D(CGGCCG)/DAUNOMYCIN AND D(TGGCCA)/ADRIAMYCIN COMPL

要素

DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3')

キーワード

DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG

機能・相同性

DOXORUBICIN / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Leonard, G.A. / Hambley, T.W. / McAuley-Hecht, K. / Brown, T. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Anthracycline-DNA interactions at unfavourable base-pair triplet-binding sites: structures of d(CGGCCG)/daunomycin and d(TGGCCA)/adriamycin complexes.
著者: Leonard, G.A. / Hambley, T.W. / McAuley-Hecht, K. / Brown, T. / Hunter, W.N.

履歴

登録	1993年1月21日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1993年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1da9.cif.gz	15.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1da9.ent.gz	8.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1da9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/1da9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/1da9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	110dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	110d-1 385d-1 1d54-1 278d-1 1vti-1 277d-1 1imr-1 1vth-1 1d11-1 1da0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3')

ヘテロ分子

2.35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3')

ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
4.71 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.010, 28.010, 52.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(TPGPGPCPCPA)-3') 分子量: 1809.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-DM2 / DOXORUBICIN / ADRIAMYCIN / ドキソルビシン分子量: 543.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₉NO₁₁ / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.18 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: pH 6.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	MGCL2	1	1
4	SPERMINE_HCL	1	1
5	WATER	1	2
6	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

温度: 285 K / pH: 6.6

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	2.3 mM	hexanucleotide	1	drop
2	5.0 mM	anthracycline	1	drop
3	33 mM	sodium cacodylate	1	drop
4	5.0 mM		1	drop	MgCl2
5	2.0 mM	spermine tetrahydrochloride	1	drop
6	8.3 %(v/v)		1	drop
7	100 %	MPD	1	reservoir

-
データ収集

回折	Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器	タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 1.7 Å / Num. all: 2433 / Num. obs: 1475 / Observed criterion σ(F): 2 / R_merge(I) obs: 0.07
反射	PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all*: 4435

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.7→7 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
obs	0.216	1475

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	120	39	43	202

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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