PDB-1d97: CHIRAL PHOSPHOROTHIOATE ANALOGUES OF B-DNA: THE CRYSTAL STRUCTURE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1d97

タイトル

CHIRAL PHOSPHOROTHIOATE ANALOGUES OF B-DNA: THE CRYSTAL STRUCTURE OF RP-D(GP(S) CPGP(S)CPGP(S)C)

要素

DNA (5'-D(RP*GP*(SC)P*GP*(SC)P*GP*(SC))-3')

キーワード

DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Cruse, W.B.T. / Salisbury, S.A. / Brown, T. / Cosstick, R. / Eckstein, F. / Kennard, O.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Chiral phosphorothioate analogues of B-DNA. The crystal structure of Rp-d[Gp(S)CpGp(S)CpGp(S)C].
著者: Cruse, W.B. / Salisbury, S.A. / Brown, T. / Cosstick, R. / Eckstein, F. / Kennard, O.

履歴

登録	1992年10月17日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1993年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1d97.cif.gz	14.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1d97.ent.gz	10.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1d97.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1d97_validation.pdf.gz	331.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1d97_full_validation.pdf.gz	333.2 KB	表示
XML形式データ	1d97_validation.xml.gz	2.3 KB	表示
CIF形式データ	1d97_validation.cif.gz	3.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/1d97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/1d97	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	251d-1 1pbl-d 1f6c-2 1p25-2 1ih1-d 1uqc-d 1p24-2 1k2k-d 1p26-3 1f69-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(RP*GP*(SC)P*GP*(SC)P*GP*(SC))-3')

B: DNA (5'-D(RP*GP*(SC)P*GP*(SC)P*GP*(SC))-3')

3.72 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.900, 39.150, 20.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(RPGP(SC)PGP(SC)PGP(SC))-3') 分子量: 1858.403 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.16 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, temperature 287.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	ISOPROPANOL	1	1
3	NA CACODYLATE	1	1
4	MGCL2	1	1
5	SPERMINE_HCL	1	1

結晶化

*PLUS

温度: 14 ℃ / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	1 mM	oligonucleotide	1	drop	can be replaced with ammonium salt
2	100 mM	sodium cacodylate	1	drop
3	0.75 mM		1	drop		MgCl2
4	1.25 mM	spermine hydrochloride	1	drop
5	10 %(v/v)	isopropanol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291 K
検出器	タイプ: SYNTEX P21 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.17→25 Å / Num. obs: 1954
反射	PLUS 最高解像度: 2.17 Å / 最低解像度: 25 Å / R_merge(I) obs*: 0.24

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.17→8 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
obs	0.145	1327

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	234	6	72	312

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.17 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Num. reflection obs: 1327 / R_factor obs: 0.145

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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