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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d90 | ||||||||||||||||||
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タイトル | REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF AN OCTANUCLEOTIDE DUPLEX WITH I.T MISMATCHED BASE PAIRS | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED / MISMATCHED | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Cruse, W.B.T. / Aymani, J. / Kennard, O. / Brown, T. / Jack, A.G.C. / Leonard, G.A. | ![]() ![]() タイトル: Refined crystal structure of an octanucleotide duplex with I.T. mismatched base pairs. 著者: Cruse, W.B. / Aymani, J. / Kennard, O. / Brown, T. / Jack, A.G. / Leonard, G.A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 19.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 11.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 319 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 337.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2428.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
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検出器 | タイプ: SIEMENS AED2 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.66 Å / Num. all: 5795 / Num. obs: 3310 / % possible obs: 57 % / Observed criterion σ(F): 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 |
反射 | *PLUS Observed criterion σ(F): 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 1.7 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso | クラス: ALL ATOMS / 詳細: TR / Treatment: isotropic | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Num. reflection obs: 2853 / Rfactor obs: 0.14 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |