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- PDB-1d8v: THE RESTRAINED AND MINIMIZED AVERAGE NMR STRUCTURE OF MAP30. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d8v
タイトルTHE RESTRAINED AND MINIMIZED AVERAGE NMR STRUCTURE OF MAP30.
要素ANTI-HIV AND ANTI-TUMOR PROTEIN MAP30
キーワードANTITUMOR PROTEIN / SINGLE CHAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome-inactivating protein beta-momorcharin
類似検索 - 構成要素
生物種Momordica charantia (ゴーヤ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wang, Y.-X. / Neamati, N. / Jacob, J. / Palmer, I. / Stahl, S.J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Solution structure of anti-HIV-1 and anti-tumor protein MAP30: structural insights into its multiple functions.
著者: Wang, Y.X. / Neamati, N. / Jacob, J. / Palmer, I. / Stahl, S.J. / Kaufman, J.D. / Huang, P.L. / Huang, P.L. / Winslow, H.E. / Pommier, Y. / Wingfield, P.T. / Lee-Huang, S. / Bax, A. / Torchia, D.A.
履歴
登録1999年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTI-HIV AND ANTI-TUMOR PROTEIN MAP30


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6311
ポリマ－29,6311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 ANTI-HIV AND ANTI-TUMOR PROTEIN MAP30


分子量: 29630.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: P24817

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
1214D 13C/15N-SEPARATED NOESY
1313D 13C-SEPARATED NOESY
1414D 13C-SEPARATED NOESY
151HNHA
161HNCA-J
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING DIPOLAR COUPLING MEASURED IN LIQUID CRYSTAL MEDIA. IN ADDITION, WE ALSO MEASURED HYDROGEN BONDS DIRECTLY AND USED THEM IN STRUCTURE CALCULATIONS.

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試料調製

詳細内容: ~0.7 MM PROTEIN MAP30 (15N/13C) ENRICHED.
試料状態イオン強度: 10 mM NAPI / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 313.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DMXBrukerDMX7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
MODIFIED X-PLOR3.5BRUNGER精密化
MODIFIED X-PLOR3.5BRUNGER構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: WE CALCULATED THE STRUCTURE OF MAP30 USING SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE STARTING FROM AN EXTENDED STRAND, FOLLOWED BY SIMULATED ANEALING IN CARTESIAN SPACE USING A MODIFIED ...詳細: WE CALCULATED THE STRUCTURE OF MAP30 USING SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE STARTING FROM AN EXTENDED STRAND, FOLLOWED BY SIMULATED ANEALING IN CARTESIAN SPACE USING A MODIFIED XPLOR 3.5, CONTAINING PSEUDOPOTENTIALS FOR RESIDUAL DIPOLAR COUPLING AND A CONFORMATIONAL DATABASE. HYDROGEN BOND CONSTRAINTS, TWO FOR EACH HYDROGEN BOND (NH-O = 1.5-2.8 A AND N-O = 2.4-3.5 A), WERE DERIVED FROM NH EXCHANGE EXPERIMENTS, BACKBONE NOE PATTERNS, BACKBONE CA/CB CHEMICAL SHIFTS AND DIRECT MEASUREMENTS OF 3HJNC CONNECTIVITY ACROSS HYDROGEN BONDS, AND APPLIED IN THE LATER STAGE OF THE STRUCTURE CALCULATION. PHI AND PSI ANGLES WERE DERIVED FROM THREE-BOND 3JHNHA COUPLING CONSTANTS, MEASURED WITH THE 3D HNHA EXPERIMENT AND A DATABASE ANALYSIS OF BACKBONE (1H, 15N, 13CA, 13CB AND C) CHEMICAL SHIFTS, USING THE PROGRAM TALOS. THE PHI DIHEDRAL ANGLE WAS RESTRAINED TO -60 DEGREES PLUS-MINUS 30 DEGREES IF JHNHA < 5.5 HZ OR TO 110 DEGREES PLUS-MINUS 50 DEGREES IF JHNHA >8.0 HZ. CHI 1 DIHEDRAL ANGLES AND STEREOSPECIFIC ASSIGNMENTS OF BETA- METHYLENE PROTONS WERE DERIVED FROM JHNHB AND JHAHB SCALAR COUPLING CONSTANTS OBTAINED FROM 3D HNHB AND HACAHB-COSY EXPERIMENTS. TIGHT TURNS CLEARLY IDENTIFIED BY NOE PATTERNS AND J-COUPLING CONSTANTS, PHI AND PSI ANGLES WERE RESTRAINED TO THEIR STANDARD VALUES WITH PLUS-MINUS 30 DEGREES ERROR RANGE. FOR RESIDUES HAVING INTENSE INTRARESIDUE HN-HA NOES WITH POSITIVE PHI ANGLES SUGGESTED BY THE PROGRAM TALOS, PHI WAS RESTRAINED TO 40 DEGREES PLUS-MINUS 15 DEGREES. ELECTROSTATIC SURFACES WERE CALCULATED USING GRASP. MOLECULAR MODELS WERE GENERATED WITH QUANTA (MSI), INSIGHT (MSI) AND MOLSCRIPT.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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