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- PDB-1d8u: CRYSTAL STRUCTURE OF NON-SYMBIOTIC PLANT HEMOGLOBIN FROM RICE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d8u
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NON-SYMBIOTIC PLANT HEMOGLOBIN FROM RICE
要素NON-SYMBIOTIC HEMOGLOBIN
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / GLOBIN / BIS-HISTIDYL / HEME PROTEIN / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Oxidoreductases; Acting on other nitrogenous compounds as donors; With a cytochrome as acceptor / response to nitrite / response to nitrate / response to nitric oxide / oxygen binding / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leghaemoglobin, iron-binding site / Plant hemoglobins signature. / Leghaemoglobin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Leghaemoglobin, iron-binding site / Plant hemoglobins signature. / Leghaemoglobin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Anaerobic nitrite reductase NSHB1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Hargrove, M. / Brucker, E.A. / Stec, B. / Olson, J.S. / Phillips Jr., G.N.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of a nonsymbiotic plant hemoglobin.
著者: Hargrove, M.S. / Brucker, E.A. / Stec, B. / Sarath, G. / Arredondo-Peter, R. / Klucas, R.V. / Olson, J.S. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録1999年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NON-SYMBIOTIC HEMOGLOBIN
B: NON-SYMBIOTIC HEMOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1724
ポリマ－36,9392
非ポリマー1,2332
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.800, 126.800, 55.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 NON-SYMBIOTIC HEMOGLOBIN


分子量: 18469.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 器官: ROOT / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O04986
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: AMMONIUM PHOSPHATE, SUCROSE, POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.2 Mammonium phosphate1reservoir
220 %sucrose1reservoir
310 mMpotassium phosphate1drop
42.2 mMprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.74
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.74 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 19025 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.06 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.7 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.42 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / % possible all: 0.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 21422 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.69
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / % possible obs: 46 % / Num. unique obs: 1634 / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
X-PLOR3.1精密化
PHASES位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.35→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1879 -1 SET RANDOM
Rwork0.208 ---
obs-19025 87.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2576 0 86 203 2865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.11
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'XPLOR 3.1 AND CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr1.85
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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