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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d8u | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF NON-SYMBIOTIC PLANT HEMOGLOBIN FROM RICE | ||||||
要素 | NON-SYMBIOTIC HEMOGLOBIN | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / GLOBIN / BIS-HISTIDYL / HEME PROTEIN / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Oxidoreductases; Acting on other nitrogenous compounds as donors; With a cytochrome as acceptor / response to nitrite / response to nitrate / response to nitric oxide / oxygen binding / oxidoreductase activity / heme binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryza sativa (イネ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Hargrove, M. / Brucker, E.A. / Stec, B. / Olson, J.S. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of a nonsymbiotic plant hemoglobin. 著者: Hargrove, M.S. / Brucker, E.A. / Stec, B. / Sarath, G. / Arredondo-Peter, R. / Klucas, R.V. / Olson, J.S. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d8u.cif.gz | 83.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d8u.ent.gz | 63.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d8u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/1d8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/1d8u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18469.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 器官: ROOT / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O04986 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.71 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: AMMONIUM PHOSPHATE, SUCROSE, POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.74 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.74 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 19025 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.06 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.7 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.42 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / % possible all: 0.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 21422 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.69 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / % possible obs: 46 % / Num. unique obs: 1634 / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.35→50 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'XPLOR 3.1 AND CNS' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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