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- PDB-1d8l: E. COLI HOLLIDAY JUNCTION BINDING PROTEIN RUVA NH2 REGION LACKING... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d8l
タイトルE. COLI HOLLIDAY JUNCTION BINDING PROTEIN RUVA NH2 REGION LACKING DOMAIN III
要素PROTEIN (HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA)
キーワードGENE REGULATION / OB-FOLD / HELIX-HAIRPIN-HELIX MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / recombinational repair / SOS response / four-way junction DNA binding / response to radiation / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Holliday junction DNA helicase RuvA, C-terminal / DNA helicase, Holliday junction RuvA type, domain I, bacterial / RuvA, C-terminal domain superfamily / RuvA N terminal domain / RuvA, C-terminal domain / Bacterial DNA recombination protein RuvA / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 ...Holliday junction DNA helicase RuvA, C-terminal / DNA helicase, Holliday junction RuvA type, domain I, bacterial / RuvA, C-terminal domain superfamily / RuvA N terminal domain / RuvA, C-terminal domain / Bacterial DNA recombination protein RuvA / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Nucleic acid-binding proteins / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Holliday junction branch migration complex subunit RuvA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nishino, T. / Iwasaki, H. / Kataoka, M. / Ariyoshi, M. / Fujita, T. / Shinagawa, H. / Morikawa, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Modulation of RuvB function by the mobile domain III of the Holliday junction recognition protein RuvA.
著者: Nishino, T. / Iwasaki, H. / Kataoka, M. / Ariyoshi, M. / Fujita, T. / Shinagawa, H. / Morikawa, K.
履歴
登録1999年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA)
B: PROTEIN (HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9992
ポリマ－32,9992
非ポリマー00
水39622
1
A: PROTEIN (HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA)
B: PROTEIN (HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA)

A: PROTEIN (HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA)
B: PROTEIN (HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9974
ポリマ－65,9974
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.600, 115.600, 34.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA)


分子量: 16499.352 Da / 分子数: 2 / 断片: NH2 REGION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A809
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.60
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 4.6 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mMcitrate-NaOH11
21 mMdithiothreitol11
310 %glycerol11

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2020 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 10073 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 17.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 9523 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Num. measured all: 49960 / Biso Wilson estimate: 57 Å2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.3 % / Rmerge(I) obs: 0.309

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化解像度: 2.5→15 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.32 471 RANDOM
Rwork0.243 --
obs0.247 9523 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2192 0 0 22 2214
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.243 / Rfactor Rfree: 0.32
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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