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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d85 | ||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURAL CONSEQUENCES OF A CARCINOGENIC ALKYLATION LESION ON DNA: EFFECT OF O6-ETHYL-GUANINE ON THE MOLECULAR STRUCTURE OF D(CGC[E6G]AATTCGCG)-NETROPSIN COMPLEX | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / MODIFIED | 機能・相同性 | NETROPSIN / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | データ登録者 | Sriram, M. / Van Der Marel, G.A. / Roelen, H.L.P.F. / Van Boom, J.H. / Wang, A.H.-J. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 | タイトル: Structural consequences of a carcinogenic alkylation lesion on DNA: effect of O6-ethylguanine on the molecular structure of the d(CGC[e6G]AATTCGCG)-netropsin complex. 著者: Sriram, M. / van der Marel, G.A. / Roelen, H.L. / van Boom, J.H. / Wang, A.H. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d85.cif.gz | 27.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d85.ent.gz | 16.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d85.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d85_validation.pdf.gz | 410.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d85_full_validation.pdf.gz | 434.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d85_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d85_validation.cif.gz | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/1d85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/1d85 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3691.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-NT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2 Å |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 2.5 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. reflection obs: 1514 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.156 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: n_bond_d / Dev ideal: 0.019 |