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- PDB-1d7z: CRYSTAL STRUCTURE OF A HEXITOL NUCLEIC ACID (HNA) DUPLEX AT 2.2 A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d7z
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A HEXITOL NUCLEIC ACID (HNA) DUPLEX AT 2.2 A RESOLUTION
要素5'-H(*(6HG)P*(6HT)P*(6HG)P*(6HT)P*(6HA)P*(6HC)P*(6HA)P*(6HC))-3'
キーワードDNA / HEXITOL NUCLEIC ACID / DNA ANALOGUE / DOUBLE HELIX
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Declercq, R. / Van Meervelt, L.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of double helical hexitol nucleic acids.
著者: Declercq, R. / Van Aerschot, A. / Read, R.J. / Herdewijn, P. / Van Meervelt, L.
#1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 1995
タイトル: 1',5'-Anhydrohexitol nucleic acids, a new promising antisense construct
著者: Van Aerschot, A. / Verheggen, I. / Hendrix, C. / Herdewijn, P.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: 1',5'-anhydro-2',3'-dideoxy-2'-(guanin-9-yl)-D-arabino-hexitol
著者: Declercq, R. / Herdewijn, P. / Van Meervelt, L.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Oligonucleotides with 1',5'-anhydrohexitol nucleoside building blocks: Crystallization and preliminary X-ray studies of H(GTGTACAC)
著者: Declercq, R. / Van Aerschot, A. / Herdewijn, P. / Van Meervelt, L.
履歴
登録1999年10月21日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.02002年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / diffrn_source / struct_conn
Item: _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI ..._citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-H(*(6HG)P*(6HT)P*(6HG)P*(6HT)P*(6HA)P*(6HC)P*(6HA)P*(6HC))-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,5391
ポリマ－2,5391
非ポリマー00
水68538
1
A: 5'-H(*(6HG)P*(6HT)P*(6HG)P*(6HT)P*(6HA)P*(6HC)P*(6HA)P*(6HC))-3'

A: 5'-H(*(6HG)P*(6HT)P*(6HG)P*(6HT)P*(6HA)P*(6HC)P*(6HA)P*(6HC))-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0782
ポリマ－5,0782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)36.364, 36.364, 69.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-21-

HOH

21A-56-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-H(*(6HG)P*(6HT)P*(6HG)P*(6HT)P*(6HA)P*(6HC)P*(6HA)P*(6HC))-3'


分子量: 2538.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE MOLECULE WAS CHEMICALLY SYNTESISED (SEE REFERENCE 1)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: CACODYLATE BUFFER, KCL, BACL2, SPERMINE TETRACHLORIDE AND MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1CACODYLATE BUFFER11
2SPERMINE11
3KCL11
4BACL211
5MPD11
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
12.4 mMoligomer solution1drop
210 %(v/v)MPD1drop
312 mMspermine hydrochloride1drop
480 mM1dropK+
520 mM1dropBa+
640 mMcacodylate1droppH7.0
735 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9116
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→20 Å / Num. all: 1344 / Num. obs: 1344 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.8 % / Biso Wilson estimate: 50.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 38.8
反射 シェル解像度: 2.21→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.168 / % possible all: 74.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.1 % / Rmerge(I) obs: 0.168

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解析

ソフトウェア
名称分類
GLRF位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.21→20 Å / 交差検証法: NONE USED / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: BASES: TAYLOR AND KENNARD VALUES; THE REST: VALUES BASED ON SINGLE CRYSTAL STRUCTURE OF HNA BUILDING BLOCKS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.233 --
all0.233 1329 -
obs0.233 1329 83.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 169 0 38 207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor all: 0.233 / Rfactor obs: 0.233 / Rfactor Rwork: 0.232
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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