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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d78 | ||||||||||||||||||
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タイトル | HIGH RESOLUTION REFINEMENT OF THE HEXAGONAL A-DNA OCTAMER D(GTGTACAC) AT 1.4 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.4 Å | データ登録者 | Thota, N. / Li, X.H. / Bingman, C.A. / Sundaralingam, M. | 引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993 タイトル: High-resolution refinement of the hexagonal A-DNA octamer d(GTGTACAC) at 1.4 A. 著者: Thota, N. / Li, X.H. / Bingman, C.A. / Sundaralingam, M. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: Hexagonal Crystal Structure of the A-DNA Octamer d(GTGTACAC) and Its Comparison with the Tetragonal Structure: Correlated Variations in Helical Parameters 著者: Jain, S. / Zon, G. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d78.cif.gz | 11.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d78.ent.gz | 7.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d78.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d78_validation.pdf.gz | 357.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d78_full_validation.pdf.gz | 358.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d78_validation.xml.gz | 3.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d78_validation.cif.gz | 3.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/1d78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/1d78 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, temperature 283.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 283 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 258 K |
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検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→5 Å / Num. all: 7730 / Num. obs: 4365 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. all: 5261 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 9036 / Rmerge(I) obs: 0.034 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.4→5 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→5 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. reflection obs: 7730 / σ(F): 2 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |