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万見
- PDB-1d6j: CRYSTAL STRUCTURE OF ADENOSINE 5'-PHOSPHOSULFATE (APS) KINASE FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d6j
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ADENOSINE 5'-PHOSPHOSULFATE (APS) KINASE FROM PENICILLIUM CHRYSOGENUM
要素ADENOSINE-5'PHOSPHOSULFATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / APS KINASE / ADENYLYLSULFATE KINASE / SULFATE / NUCLEOTIDE KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylyl-sulfate kinase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / methionine biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenylyl-sulfate kinase / Adenylylsulphate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Adenylyl-sulfate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium chrysogenum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者MacRae, I.J. / Segel, I.H. / Fisher, A.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of adenosine 5'-phosphosulfate kinase from Penicillium chrysogenum.
著者: MacRae, I.J. / Segel, I.H. / Fisher, A.J.
履歴
登録1999年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENOSINE-5'PHOSPHOSULFATE KINASE
B: ADENOSINE-5'PHOSPHOSULFATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7603
ポリマ－47,6102
非ポリマー1501
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.862, 83.484, 141.951
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 ADENOSINE-5'PHOSPHOSULFATE KINASE / APS KINASE


分子量: 23804.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium chrysogenum (菌類) / プラスミド: PET23A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12657, adenylyl-sulfate kinase
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 6
詳細: 1.0 M NA/K TARTRATE, O.1 M MES, PH 6.0, 0.5% POLYETHYLINIMINE, BATCH, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 59 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: or batch
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
20.8-1.2 MNa+/K+ tartrate1reservoir
30.1 MNa MES1reservoir
40.5 %polyethylinimine1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 31625 / Num. obs: 31625 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 30.9
反射 シェル解像度: 2→2.13 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / % possible all: 96.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 109188
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2→36.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2297291.57 / Data cutoff high rms absF: 2297291.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1537 4.9 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 31625 98.6 %-
all-31625 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.96 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.24 Å20 Å20 Å2
2---11.66 Å20 Å2
3---5.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2798 0 10 198 3006
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.442.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 266 5.2 %
Rwork0.265 4842 -
obs--96.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMTAR.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TAR.PARWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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