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- PDB-1d62: THE STRUCTURE OF A /B-DNA$ DECAMER WITH AN I(SLASH)*A MISMATCH AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d62
タイトルTHE STRUCTURE OF A /B-DNA$ DECAMER WITH AN I(SLASH)*A MISMATCH AND COMPARISON WITH THE G(SLASH)*A MISMATCH
要素5'-D(*CP*CP*AP*AP*IP*AP*TP*TP*GP*G)-3'
キーワードDNA
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lipanov, A. / Kopka, M.L. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Dickerson, R.E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Structure of the B-DNA decamer C-C-A-A-C-I-T-T-G-G in two different space groups: conformational flexibility of B-DNA.
著者: Lipanov, A.A. / Kopka, M.L. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Dickerson, R.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: The Structure of the /B-DNA Decamer / C-C-A-A-C-G-T-T-G-G and Comparison with the Isomorphous Decamers /C-C-A-A-G-A-T-T-G-G and /C-C-A-G-G-C-C-T-G-G
著者: Prive, G.G. / Yanagi, K. / Dickerson, R.E.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystallographic Study of One Turn of G(Slash)C-Rich B-/DNA
著者: Heinemann, U. / Alings, C.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1987
タイトル: Helix Geometry, Hydration, and G(Dot)A Mismatch in a B-/DNA Decamer
著者: Prive, G.G. / Heinemann, U. / Chandrasegaran, S. / Kan, L.-S. / Kopka, M.L. / Dickerson, R.E.
履歴
登録1992年3月1日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01993年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02023年7月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_rmsd_angle
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*IP*AP*TP*TP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0541
ポリマ－3,0541
非ポリマー00
水90150
1
A: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*IP*AP*TP*TP*GP*G)-3'

A: 5'-D(*CP*CP*AP*AP*IP*AP*TP*TP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1082
ポリマ－6,1082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.210, 25.140, 34.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-12-

HOH

21A-13-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*AP*IP*AP*TP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3054.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.67 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.53 mMDNA decamer1dropdouble helix
221.7 mMcalcium acetate1drop
321.7 mMsodium cacodylate1droppH7.0
40.43 mMspermidine1drop
59 %MPD1drop
640 %MPD1reservoir

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア名称: NUCLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.134 1195
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 203 0 50 253
ソフトウェア
*PLUS
名称: NUCLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. reflection obs: 1195 / Rfactor obs: 0.134
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONn_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONn_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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