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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d62 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF A /B-DNA$ DECAMER WITH AN I(SLASH)*A MISMATCH AND COMPARISON WITH THE G(SLASH)*A MISMATCH | |||||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Lipanov, A. / Kopka, M.L. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Dickerson, R.E. | ![]() ![]() タイトル: Structure of the B-DNA decamer C-C-A-A-C-I-T-T-G-G in two different space groups: conformational flexibility of B-DNA. 著者: Lipanov, A.A. / Kopka, M.L. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Dickerson, R.E. #1: ![]() タイトル: The Structure of the /B-DNA Decamer / C-C-A-A-C-G-T-T-G-G and Comparison with the Isomorphous Decamers /C-C-A-A-G-A-T-T-G-G and /C-C-A-G-G-C-C-T-G-G 著者: Prive, G.G. / Yanagi, K. / Dickerson, R.E. #2: ![]() タイトル: Crystallographic Study of One Turn of G(Slash)C-Rich B-/DNA 著者: Heinemann, U. / Alings, C. #3: ![]() タイトル: Helix Geometry, Hydration, and G(Dot)A Mismatch in a B-/DNA Decamer 著者: Prive, G.G. / Heinemann, U. / Chandrasegaran, S. / Kan, L.-S. / Kopka, M.L. / Dickerson, R.E. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 13.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 368.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 372.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3054.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.67 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: NUCLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. reflection obs: 1195 / Rfactor obs: 0.134 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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