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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d5d | ||||||
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タイトル | The role of phenylalanine 8 in the stabilization of the s protein-s peptide interaction: packing and cavities | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / RNASE S MUTANT(F8M) / CAVITY S PROTEIN / S PEPTIDE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Ratnaparkhi, G.S. / Varadarajan, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Thermodynamic and structural studies of cavity formation in proteins suggest that loss of packing interactions rather than the hydrophobic effect dominates the observed energetics. 著者: Ratnaparkhi, G.S. / Varadarajan, R. #1: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct.,Genet. / 年: 1999 タイトル: X-ray crystallographic studies of the denaturation of ribonuclease S 著者: Ratnaparkhi, G.S. / Varadarajan, R. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Crystallographic structures of ribonuclease S variants with nonpolar substitution at position 13: packing and cavities 著者: Varadarajan, R. / Richards, F.M. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Thermodynamic and structural consequences of changing a sulfur atom to a methylene group in the M13Nle mutation in ribonuclease-S 著者: Thomson, J. / Ratnaparkhi, G.S. / Varadarajan, R. / Sturtevant, J.M. / Richards, F.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d5d.cif.gz | 39.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d5d.ent.gz | 30.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d5d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d5d_validation.pdf.gz | 436.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d5d_full_validation.pdf.gz | 437.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d5d_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d5d_validation.cif.gz | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/1d5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/1d5d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1717.943 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-15 / 変異: F8M / 由来タイプ: 合成 詳細: S15 PEPTIDE SYNTHESIZED BY SOLID PHASE PEPTIDE SYNTHESIS 参照: UniProt: P61823 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11294.749 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-124 / 由来タイプ: 天然 詳細: DERIEVED FROM A LIMIT DIGEST OF BOVINE PANCREATIC RNASE A 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00656, UniProt: P61823*PLUS |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.75 詳細: 3M CSCL, 35% AMMONIUM SULFATE. 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: Thomson, J., (1994) Biochemistry, 33, 8587. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→10 Å / Num. all: 5293 / Num. obs: 4958 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 20.18 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.4 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. obs: 4492 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.25→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 7
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 1 / % reflection Rfree: 10.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 19.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.328 / % reflection Rfree: 9.6 % / Rfactor Rwork: 0.3 |