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万見
- PDB-1d4v: Crystal structure of trail-DR5 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d4v
タイトルCrystal structure of trail-DR5 complex
要素
  • DEATH RECEPTOR 5
  • TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
キーワードAPOPTOSIS / LIGAND-RECEPTOR COMPLEX / TRIMERIC JELLY-ROLL / TNF-R SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / defense response to tumor cell ...TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / defense response to tumor cell / tumor necrosis factor receptor binding / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / response to endoplasmic reticulum stress / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / cellular response to mechanical stimulus / cell-cell signaling / signaling receptor activity / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / immune response / positive regulation of apoptotic process / signaling receptor binding / apoptotic process / cell surface / signal transduction / : / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 10 / Tumor necrosis factor receptor 10, N-terminal / Tumour necrosis factor receptor 10A/B, death domain / : / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. ...Tumour necrosis factor receptor 10 / Tumor necrosis factor receptor 10, N-terminal / Tumour necrosis factor receptor 10A/B, death domain / : / Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Jelly Rolls - #40 / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Ribbon / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mongkolsapaya, J. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y. / Screaton, G.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure of the TRAIL-DR5 complex reveals mechanisms conferring specificity in apoptotic initiation
著者: Mongkolsapaya, J. / Grimes, J.M. / Chen, N. / Xu, X.N. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y. / Screaton, G.R.
履歴
登録1999年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
A: DEATH RECEPTOR 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0652
ポリマ－32,0652
非ポリマー00
水2,774154
1
B: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
A: DEATH RECEPTOR 5

B: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
A: DEATH RECEPTOR 5

B: TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND
A: DEATH RECEPTOR 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1946
ポリマ－96,1946
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.520, 95.520, 69.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

-
要素

#1: タンパク質 TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND / TRAIL


分子量: 18921.166 Da / 分子数: 1 / 断片: SINGLE SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET-9C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50591
#2: タンパク質 DEATH RECEPTOR 5 / DR5


分子量: 13143.660 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR REGION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRANSIENT EXPRESSION AS IG FUSION PROTEIN / Cell (発現宿主): 293T CELLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 2338420, UniProt: O14763*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25% ETHYLENE GLYCOL, 0.1% N-OCTYL-BETA-GLUCOSIDE, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1drop
350 mM1dropNaCl
425 %ethylene glycol1reservoir
50.1 %n-octyl-beta-glucoside1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→15 Å / Num. obs: 18104 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 30
反射
*PLUS
Num. measured all: 164565
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2.2→15 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数
Rfree0.27 875
Rwork0.221 -
obs0.221 -
all-18029
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2242 0 0 154 2396
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / Rfactor Rfree: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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