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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d4v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of trail-DR5 complex | ||||||
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![]() | APOPTOSIS / LIGAND-RECEPTOR COMPLEX / TRIMERIC JELLY-ROLL / TNF-R SUPERFAMILY | ||||||
機能・相同性 | ![]() TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / defense response to tumor cell ...TRAIL receptor activity / TRAIL binding / TRAIL signaling / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / defense response to tumor cell / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / response to endoplasmic reticulum stress / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / response to insulin / cellular response to mechanical stimulus / male gonad development / cell-cell signaling / signaling receptor activity / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / immune response / positive regulation of apoptotic process / signaling receptor binding / apoptotic process / cell surface / signal transduction / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mongkolsapaya, J. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y. / Screaton, G.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the TRAIL-DR5 complex reveals mechanisms conferring specificity in apoptotic initiation 著者: Mongkolsapaya, J. / Grimes, J.M. / Chen, N. / Xu, X.N. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y. / Screaton, G.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 372.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 387 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18921.166 Da / 分子数: 1 / 断片: SINGLE SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13143.660 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR REGION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% ETHYLENE GLYCOL, 0.1% N-OCTYL-BETA-GLUCOSIDE, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→15 Å / Num. obs: 18104 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 30 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 164565 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→15 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / Rfactor Rfree: 0.27 | |||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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