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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d44 | ||||||||||||||||||
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タイトル | DNA DODECAMER C-G-C-G-A-A-T-T-C-G-C-G/HOECHST 33258 COMPLEX: 0 DEGREES C, PIPERAZINE DOWN | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | Chem-HT / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() Quintana, J.R. / Lipanov, A.A. / Dickerson, R.E. | ![]() ![]() タイトル: Low-temperature crystallographic analyses of the binding of Hoechst 33258 to the double-helical DNA dodecamer C-G-C-G-A-A-T-T-C-G-C-G. 著者: Quintana, J.R. / Lipanov, A.A. / Dickerson, R.E. #1: ![]() タイトル: The Molecular Structure of the Complex of Hoechst 33258 and the DNA Dodecamer d(CGCGAATTCGCG) 著者: Teng, M. / Usman, N. / Frederick, C.A. / Wang, A.H.-J. #2: ![]() タイトル: Binding of Hoechst 33258 to the Minor Groove of B-DNA 著者: Pjura, P.E. / Grzeskowiak, K. / Dickerson, R.E. #3: ![]() タイトル: Isohelical Analysis of DNA Groove-Binding Drugs 著者: Goodsell, D. / Dickerson, R.E. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 27.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 17.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 397.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 412.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | ChemComp-HT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.77 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 2540 / Rmerge(I) obs: 0.178 |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |