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- PDB-1d1u: USE OF AN N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d1u
タイトルUSE OF AN N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE TO FACILITATE CRYSTALLIZATION AND ANALYSIS OF A PSEUDO-16-MER DNA MOLECULE CONTAINING G-A MISPAIRS
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*TP*G)-3')
  • PROTEIN (REVERSE TRANSCRIPTASE)
キーワードHYDROLASE/DNA / G-A MISPAIR / SYN-ADENINE / NUCLEIC ACID / PROTEIN-DNA COMPLEX / SINGLE-STRAND OVERHANG / REVERSE TRANSCRIPTASE / MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein ...Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / : / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cote, M.L. / Yohannan, S. / Georgiadis, M.M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Use of an N-terminal fragment from moloney murine leukemia virus reverse transcriptase to facilitate crystallization and analysis of a pseudo-16-mer DNA molecule containing G-A mispairs.
著者: Cote, M.L. / Yohannan, S.J. / Georgiadis, M.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structures of the N-Terminal Fragment from Moloney Murine Leukemia Virus Reverse Transcriptase Complexed with Nucleic Acid: Functional Implications for Template-Primer Binding to the Fingers Domain
著者: Najmudin, S. / Cote, M.L. / Sun, D. / Yohannan, S. / Montano, S.P. / Gu, J. / Georgiadis, M.M.
履歴
登録1999年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*G)-3')
A: PROTEIN (REVERSE TRANSCRIPTASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8143
ポリマ－33,8143
非ポリマー00
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.738, 145.491, 46.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*TP*G)-3')


分子量: 1800.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*AP*G)-3')


分子量: 3079.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE SEQUENCE 5'-CTCGTG-3' WAS SYNTHESIZED ON AN APPLIED BIOSYSTEMS 392 DNA/RNA SYNTHESIZER
#3: タンパク質 PROTEIN (REVERSE TRANSCRIPTASE)


分子量: 28934.287 Da / 分子数: 1 / Fragment: FINGERS AND PALM DOMAIN OF MMLV RT / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
属: Gammaretrovirus / 生物種: Murine leukemia virus / 遺伝子: MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03355, DNA-directed DNA polymerase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.45 mMprotein1drop
20.9 mMoligonucleotide1drop
33.6 mMddCTP1drop
410 %PEG40001reservoir
50.1 M1reservoirNaCl
60.05 MADA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 17117 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 41.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / % possible all: 98.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.3→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: MODEL WAS REFINED WITH TWO DIFFERENT SIDE-CHAIN CONFORMATIONS FOR TYR 64 (IN THE A MOLECULE). BOTH WERE HELD AT 50% OCCUPANCY. THE 5'- TERMINAL ADENINE OF THE "C" CHAIN MAY HAVE EITHER THE ...詳細: MODEL WAS REFINED WITH TWO DIFFERENT SIDE-CHAIN CONFORMATIONS FOR TYR 64 (IN THE A MOLECULE). BOTH WERE HELD AT 50% OCCUPANCY. THE 5'- TERMINAL ADENINE OF THE "C" CHAIN MAY HAVE EITHER THE SYN- OR ANTI- CONFORMATION. THE DEPOSITED DATA HAVE ADENINE C7 IN THE ANTI- CONFORMATION. INDEPENDENT REFINEMENTS OF THE STRUCTURAL MODEL WITH EITHER A SYN- OR AN ANTI-CONFORMATION FOR THE 5'-TERMINAL ADENINE ((A7) IN THE "C" CHAIN) YIELDED ELECTRON DENSITY MAPS WHICH GAVE NO PREFERENCE FOR ONE CONFORMATION OVER THE OTHER, AND NO INDICATION OF PARTIAL OCCUPANCIES FOR BOTH. THE INDEPENDENT REFINEMENTS YIELDED THE SAME REFINEMENT STATISTICS. THE DEPOSITED DATA CONTAIN THE ADENINE (A7) IN THE ANTI-CONFORMATION. THE COORDINATES FOR THE SYN-ADENINE ARE AVAILABLE UPON REQUEST FROM THE AUTHORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 861 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 17117 99 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2041 324 0 175 2540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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