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万見
- PDB-1d1m: CRYSTAL STRUCTURE OF CRO K56-[DGEVK]-F58W MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d1m
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CRO K56-[DGEVK]-F58W MUTANT
要素LAMBDA CRO REPRESSOR
キーワードVIRAL PROTEIN / HELIX-TURN-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


latency-replication decision / release from viral latency / negative regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / core promoter sequence-specific DNA binding / response to UV / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
CRO Repressor / Regulatory protein cro superfamily / Cro / Regulatory protein cro / CRO Repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein cro
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Rupert, P.B. / Mollah, A.K. / Mossing, M.C. / Matthews, B.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The structural basis for enhanced stability and reduced DNA binding seen in engineered second-generation Cro monomers and dimers.
著者: Rupert, P.B. / Mollah, A.K. / Mossing, M.C. / Matthews, B.W.
履歴
登録1999年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: LAMBDA CRO REPRESSOR
A: LAMBDA CRO REPRESSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5972
ポリマ－14,5972
非ポリマー00
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.030, 35.660, 108.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 LAMBDA CRO REPRESSOR


分子量: 7298.335 Da / 分子数: 2 / 断片: LAMBDA CRO REPRESSOR / 変異: K56[DGEVK]-F58W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03040
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4.8 M SODIUM FORMATE, 0.5% BETA-OCTYLGLUCOSIDE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 mg/mlprotein1drop
2200 mM1dropKCl
320 mMHEPES1drop
40.1 mMEDTA1drop
54.8 Msodium formate1reservoir
60.5 %(w/v)beta-octylglucoside1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. all: 27290 / Num. obs: 9374 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射
*PLUS
Num. measured all: 27290

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
SDMSデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化解像度: 2.05→20 Å / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: USED WEIGHTED FULL MATRIX LEAST SQUARES PROCEDURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 937 -RANDOM
Rwork0.185 ---
all-9867 --
obs-9374 95 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1024 0 0 30 1054
拘束条件
Refine-IDタイプWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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