PDB-1d1h: SOLUTION STRUCTURE OF HANATOXIN 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1d1h

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF HANATOXIN 1

要素

HANATOXIN TYPE 1

キーワード

TOXIN / CYSTINE KNOT

機能・相同性

Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Kappa-theraphotoxin-Gr1a

機能・相同性情報

生物種

Grammostola rosea (クモ)

手法

溶液NMR / DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Takahashi, H. / Kim, J.I. / Sato, K. / Swartz, K.J. / Shimada, I.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Solution structure of hanatoxin1, a gating modifier of voltage-dependent K(+) channels: common surface features of gating modifier toxins.
著者: Takahashi, H. / Kim, J.I. / Min, H.J. / Sato, K. / Swartz, K.J. / Shimada, I.

履歴

登録	1999年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月21日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1d1h.cif.gz	227.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1d1h.ent.gz	187.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1d1h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d1h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1qdh-d 1mr4-d 2kgu-d 1bub-d 1qdf-d 4n7h-d 3szs-3 2fd9-d 2gw9-d 6ay7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HANATOXIN TYPE 1

4.13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	21 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	HANATOXIN TYPE 1 分子量: 4127.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Grammostola rosea (クモ) / 組織: VENOM / 参照: UniProt: P56852
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	E-COSY

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES.

-
試料調製

詳細	内容: 2MM HANATOXIN1
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 3.4 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	1.3	BRUKER	構造決定
ANSIG	3.3	KRAULIS	構造決定
X-PLOR	3.851	BRUNGER	精密化

精密化

手法: DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 539 RESTRAINTS, 509 ARE NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 19 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS,11 DISTANCE RESTRAINTS FROM HYDROGEN BONDS AND DISULFIDE BONDS.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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