PDB-1d13: MOLECULAR STRUCTURE OF AN A-DNA DECAMER D(ACCGGCCGGT)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1d13

タイトル

MOLECULAR STRUCTURE OF AN A-DNA DECAMER D(ACCGGCCGGT)

要素

DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*T)-3')

キーワード

DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Frederick, C.A. / Quigley, G.J. / Teng, M.-K. / Coll, M. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Rich, A. / Wang, A.H.-J.

引用

ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1989
タイトル: Molecular structure of an A-DNA decamer d(ACCGGCCGGT).
著者: Frederick, C.A. / Quigley, G.J. / Teng, M.K. / Coll, M. / Van der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Rich, A. / Wang, A.H.

履歴

登録	1989年10月20日	登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.0	1990年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1d13.cif.gz	16.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1d13.ent.gz	9.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1d13.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/1d13	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2b1b-d 395d-1 6l75-d 349d-1 348d-1 1i0j-d 4msb-1 2lar-d 1i0m-d 220d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*T)-3')

3.05 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*T)-3')

登録者が定義した集合体
6.09 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.230, 39.230, 78.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(APCPCPGPGPCPCPGPGPT)-3') 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.76 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	NA CACODYLATE	1	1
4	MGCL2	1	1
5	SPERMINE	1	1

結晶化

*PLUS

pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	1 mM	DNA decamer	1	drop	single strand
2	40 mM	sodium cacodylate	1	drop
3	13.0 mM	magnesium chloride	1	drop
4	5.0 mM	spermine tetrachloride	1	drop
5	5 %	MPD	1	drop
6	50 %	MPD	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 283 K
検出器	タイプ: NICOLET P3 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 2 Å / Num. all: 4200 / Num. obs: 1434 / Observed criterion σ(F): 2

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2→20 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
obs	0.18	1434

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	202	0	36	238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_d	0.026
X-RAY DIFFRACTION	n_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	n_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_impr_tor
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_plane_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	n_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	n_xhyhbond_nbd

精密化

*PLUS

最高解像度: 2 Å / Num. reflection obs: 1434 / R_factor obs: 0.18

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

タイプ: n_bond_d / Dev ideal: 0.026

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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