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万見
- PDB-2lar: DNA / RNA Hybrid containing a central stereo specific Rp borano p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lar
タイトルDNA / RNA Hybrid containing a central stereo specific Rp borano phosphate linkage
要素
  • DNA_(5'-D(*AP*TP*GP*GP*TP*BGR*CP*TP*C)-3')_
  • RNA_(5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*AP*U)-3')_
キーワードDNA/RNA / nucleic acid heteroduplex / RNase H1 activity / DNA-RNA complex
機能・相同性DNA / RNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / molecular dynamics, matrix relaxation
Model detailsstructure with the lowest restraint violations, model 1
データ登録者Johnson, C.N. / Spring, A.M. / Shaw, B.R. / Germann, M.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural basis of the RNase H1 activity on stereo regular borano phosphonate DNA/RNA hybrids.
著者: Johnson, C.N. / Spring, A.M. / Sergueev, D. / Shaw, B.R. / Germann, M.W.
履歴
登録2011年3月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA_(5'-D(*AP*TP*GP*GP*TP*BGR*CP*TP*C)-3')_
B: RNA_(5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*AP*U)-3')_


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5982
ポリマ－5,5982
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 10structure with the lowest restraint violations
代表モデルモデル #1structure with the lowest restraint violations

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要素

#1: DNA鎖 DNA_(5'-D(*AP*TP*GP*GP*TP*BGR*CP*TP*C)-3')_


分子量: 2743.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 RNA_(5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*AP*U)-3')_


分子量: 2854.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1222D 1H-13C HSQC
1322D 1H-1H TOCSY
1422D DQF-COSY
1522D 1H-1H NOESY
1622D 1H-31P CORR

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*TP*BGR*CP*TP*C)-3'), 1.0 mM RNA (5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*AP*U)-3'), 50 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 0.5 mM EDTA, 0.3 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*TP*BGR*CP*TP*C)-3'), 1.0 mM RNA (5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*AP*U)-3'), 50 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 0.5 mM EDTA, 0.3 uM DSS, 99.999 % D2O99.999 % D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1.0 mMDNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*TP*BGR*CP*TP*C)-3')-11
1.0 mMRNA (5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*AP*U)-3')-21
50 mMsodium chloride-31
10 mMsodium phosphate-41
0.5 mMEDTA-51
0.3 uMDSS-61
10 %D2O-71
90 %H2O-81
1.0 mMDNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*TP*BGR*CP*TP*C)-3')-92
1.0 mMRNA (5'-R(*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*AP*U)-3')-102
50 mMsodium chloride-112
10 mMsodium phosphate-122
0.5 mMEDTA-132
0.3 uMDSS-142
99.999 %D2O-152
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm構造決定
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollmgeometry optimization
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospinデータ解析
TopSpin2.1Bruker Biospinchemical shift calculation
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CORMA5.21(CORMA) Dr. Thomas Jamesデータ解析
MARDIGRAS5.21Thomas James精密化
Sparky3.98Goddardデータ解析
Sparky3.98Goddardchemical shift assignment
精密化手法: molecular dynamics, matrix relaxation / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: structure with the lowest restraint violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structure with the lowest restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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