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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d10 | ||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURAL COMPARISON OF ANTICANCER DRUG-DNA COMPLEXES. ADRIAMYCIN AND DAUNOMYCIN | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | DAUNOMYCIN / SPERMINE / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() Frederick, C.A. / Williams, L.D. / Ughetto, G. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Rich, A. / Wang, A.H.-J. | ![]() ![]() タイトル: Structural comparison of anticancer drug-DNA complexes: adriamycin and daunomycin. 著者: Frederick, C.A. / Williams, L.D. / Ughetto, G. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Rich, A. / Wang, A.H. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 17.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 9.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DM1 / |
#3: 化合物 | ChemComp-SPM / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.55 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS Crystal-ID: 1
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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検出器 | 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.5 Å / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / Observed criterion σ(F): 2 |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.5→10 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS σ(F): 2 / 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 2731 / Rfactor obs: 0.175 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: n_bond_d / Dev ideal: 0.036 |