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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d0e | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES OF THE N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH NUCLEIC ACID: FUNCTIONAL IMPLICATIONS FOR TEMPLATE-PRIMER BINDING TO THE FINGERS DOMAIN | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / POLYMERASE / REVERSE TRANSCRIPTASE / MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / structural constituent of virion / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Najmudin, S. / Cote, M.L. / Sun, D. / Yohannan, S. / Montano, S.P. / Gu, J. / Georgiadis, M.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of an N-terminal fragment from Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase complexed with nucleic acid: functional implications for template-primer binding to the fingers domain 著者: Najmudin, S. / Cote, M.L. / Sun, D. / Yohannan, S. / Montano, S.P. / Gu, J. / Georgiadis, M.M. #1: ![]() タイトル: Cloning, expression and purification of a catalytic fragment of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase: Crystallization of nucleic acid complexes 著者: Sun, D. / Jessen, S. / Liu, C. / Liu, X. / Najmudin, S. / Georgiadis, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 480.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3339.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 29347.754 Da / 分子数: 2 Fragment: N-TERMINAL FRAGMENT COMPRISING FINGERS AND PALM DOMAINS 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Gammaretrovirus / 生物種: Murine leukemia virus / 遺伝子: MMLV-RT / プラスミド: PRT 107-3 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15% PEG 4000,0.1M NH4CL,0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 詳細: used to seeding, Sun, D., (1998) Protein Sci., 7, 1575. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→500 Å / Num. all: 11540 / Num. obs: 11540 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 5.95 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / % possible all: 92.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 35570 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→500 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→500 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 31.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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