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- PDB-1cxr: AUTOMATED 2D NOESY ASSIGNMENT AND STRUCTURE CALCULATION OF CRAMBI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cxr
タイトルAUTOMATED 2D NOESY ASSIGNMENT AND STRUCTURE CALCULATION OF CRAMBIN(S22/I25) WITH SELF-CORRECTING DISTANCE GEOMETRY BASED NOAH/DIAMOD PROGRAMS
要素CRAMBIN
キーワードPLANT PROTEIN / CRAMBIN / CRAMBE ABYSSINICA / PLANT SEED PROTEIN FEB. 20 / 1997
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
手法溶液NMR / SELF-CORRECTING DISTANCE GEOMETRY
データ登録者Xu, Y. / Wu, J. / Gorenstein, D. / Braun, W.
引用
ジャーナル: J.Magn.Reson. / 年: 1999
タイトル: Automated 2D NOESY assignment and structure calculation of Crambin(S22/I25) with the self-correcting distance geometry based NOAH/DIAMOD programs.
著者: Xu, Y. / Wu, J. / Gorenstein, D. / Braun, W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Automated Assignment of Simulated, Experimental Noesy Spectra of Proteins by Feedback Filtering and Self-Correcting Distance Geometry
著者: Mumenthaler, C. / Braun, W.
#2: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1997
タイトル: Automated Combined Assignment of Noesy Spectra and Three-Dimensional Protein Structure Determination
著者: Mumenthaler, C. / Guntert, P. / Braun, W. / Wuthrich, K.
#3: ジャーナル: Biological Magnetic Resonance / 年: 1999
タイトル: Combined Automated Assignment of NMR Spectra and Calculation of Three- Dimensional Protein Structures
著者: Xu, Y. / Schein, C.H. / Braun, W.
#4: ジャーナル: Biopolymers / 年: 1990
タイトル: A Program, Fantom, for Energy Refinement of Polypeptides and Proteins Using a Newton-Raphson Minimizer in the Torsion Angle Space
著者: Schaumann, T.H. / Braun, W. / Wuthrich, K.
#5: ジャーナル: J.Comput.Chem. / 年: 1998
タイトル: Exact and Efficient Analytical Calculation of the Accessible Surface Areas and Their Gradients Macromolecules
著者: Fraczkiewicz, R. / Braun, W.
履歴
登録1999年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation_author.name
改定 1.42018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRAMBIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7281
ポリマ－4,7281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 40STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY,TARGET FUNCTION
代表モデルモデル #8closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CRAMBIN


分子量: 4728.410 Da / 分子数: 1 / 断片: ISOFORM OF CRAMBIN (46 RESIDUES) / 変異: S22P, I25L / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
器官: SEED / 生物種: Crambe hispanica / 株: subsp. abyssinica / 参照: UniProt: P01542
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
222DQF-COSY
3332D TOCSY
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES.

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試料調製

詳細内容: 2.5 MM CRAMBIN(SER/ILE) 0.7 ML OF 75% D6-ACETONE, 20%H2O,5%D2O BUFFER
試料状態pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VXRS / 製造業者: Varian / モデル: VXRS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NOAH1C.MUMENTHALER, Y.XU, W.BRAUN構造決定
DIAMOD1P. GUNTERT, W. BRAUN, K. WUTHRICH構造決定
FANTOM4TH.SCHAUMANN, W.BRAUN, K.WUTHRICH, R.FRACZKIEWICZ精密化
精密化手法: SELF-CORRECTING DISTANCE GEOMETRY / ソフトェア番号: 1 / 詳細: SEE REFERENCE: J. MAGN. RESON. 136, P76-85(1999)
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY,TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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