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- PDB-1cw9: DNA DECAMER WITH AN ENGINEERED CROSSLINK IN THE MINOR GROOVE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cw9
タイトルDNA DECAMER WITH AN ENGINEERED CROSSLINK IN THE MINOR GROOVE
要素5'-D(*CP*CP*AP*GP*(G47)P*CP*CP*TP*GP*G)-3'
キーワードDNA / CROSSLINKED DOUBLE-HELICAL DNA / BASE-PAIR OPENING / PARTIAL BASE FLIPPING.
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者van Aalten, D.M.F. / Erlanson, D.A. / Verdine, G.L. / Joshua-Tor, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: A structural snapshot of base-pair opening in DNA.
著者: van Aalten, D.M. / Erlanson, D.A. / Verdine, G.L. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録1999年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*(G47)P*CP*CP*TP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*(G47)P*CP*CP*TP*GP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*(G47)P*CP*CP*TP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*(G47)P*CP*CP*TP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4655
ポリマ－12,4244
非ポリマー401
水4,882271
1
A: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*(G47)P*CP*CP*TP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*(G47)P*CP*CP*TP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2523
ポリマ－6,2122
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*(G47)P*CP*CP*TP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*(G47)P*CP*CP*TP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2122
ポリマ－6,2122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.435, 43.180, 72.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*CP*CP*AP*GP*(G47)P*CP*CP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3106.110 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: CROSSLINKED DNA WAS SYNTHESIZED BY THE CONVERTIBLE NUCLEOSIDE APPROACH
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, CALCIUM CHLORIDE, SODIUM CHLORIDE, SPERMINE TETRACHLORIDE, SODIUM CACODYLATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1CACL211
2NACL11
3SPERMINE11
4SODIUM CACODYLATE11
5MPD11
6MPD12
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
22.5 %MPD1drop
3100 mM1dropCaCl2
440 mM1dropNaCl
56 mMspermine tetrachloride1drop
625 mMcacodylate1drop
735 %MPD1reservoir
1DNA1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→13 Å / Num. all: 62990 / Num. obs: 62990 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98
反射
*PLUS
Num. obs: 15570 / Num. measured all: 62990
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / Num. unique obs: 1555

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BDJ017

解像度: 1.55→13 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED CNS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: CNS NUCLEIC ACID PARAMETERS USING SOFT VAN DER WAALS PARAMETERS (PARKINSON ET AL., ACTA D, 52, 57-64 (1996)).
詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 782 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.2031 15525 --
obs0.2031 15525 95.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT - CNS CALCULATED MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.895 Å20 Å20 Å2
2---2.358 Å20 Å2
3----1.537 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 820 1 271 1092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.938
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.824
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.875
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.828
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / % reflection Rfree: 5 % / % reflection obs: 98 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: DNA-RNA_REP.PARAM / Topol file: DNA-RNA.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 13 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18.3 Å2
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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