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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cw9 | ||||||||||||||||||
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タイトル | DNA DECAMER WITH AN ENGINEERED CROSSLINK IN THE MINOR GROOVE | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / CROSSLINKED DOUBLE-HELICAL DNA / BASE-PAIR OPENING / PARTIAL BASE FLIPPING. | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() van Aalten, D.M.F. / Erlanson, D.A. / Verdine, G.L. / Joshua-Tor, L. | ![]() ![]() タイトル: A structural snapshot of base-pair opening in DNA. 著者: van Aalten, D.M. / Erlanson, D.A. / Verdine, G.L. / Joshua-Tor, L. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 341.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 341.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3106.110 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 詳細: CROSSLINKED DNA WAS SYNTHESIZED BY THE CONVERTIBLE NUCLEOSIDE APPROACH #2: 化合物 | ChemComp-CA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: MPD, CALCIUM CHLORIDE, SODIUM CHLORIDE, SPERMINE TETRACHLORIDE, SODIUM CACODYLATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→13 Å / Num. all: 62990 / Num. obs: 62990 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98 |
反射 | *PLUS Num. obs: 15570 / Num. measured all: 62990 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98 % / Num. unique obs: 1555 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: BDJ017 解像度: 1.55→13 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED CNS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 立体化学のターゲット値: CNS NUCLEIC ACID PARAMETERS USING SOFT VAN DER WAALS PARAMETERS (PARKINSON ET AL., ACTA D, 52, 57-64 (1996)). 詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT - CNS CALCULATED MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / % reflection Rfree: 5 % / % reflection obs: 98 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file | Serial no: 1 / Param file: DNA-RNA_REP.PARAM / Topol file: DNA-RNA.TOP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 13 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 18.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS % reflection Rfree: 5 % |