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- PDB-1cw5: SOLUTION STRUCTURE OF CARNOBACTERIOCIN B2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cw5
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF CARNOBACTERIOCIN B2
要素TYPE IIA BACTERIOCIN CARNOBACTERIOCIN B2
キーワードTOXIN / ANTIMICROBIAL PEPTIDE / HELIX / BACTERIOCIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated cytolysis of host cell / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #130 / Bacteriocin, class IIa / Bacteriocin, class IIa, conserved site / Bacteriocin class IIa domain superfamily / Class II bacteriocin / Bacteriocin class IIa family signature. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacteriocin carnobacteriocin B2
類似検索 - 構成要素
生物種Carnobacterium maltaromaticum (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wang, Y. / Henz, M.E. / Gallagher, N.L.F. / Chai, S. / Yan, L.Z. / Gibbs, A.C. / Stiles, M.E. / Wishart, D.S. / Vederas, J.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Solution structure of carnobacteriocin B2 and implications for structure-activity relationships among type IIa bacteriocins from lactic acid bacteria.
著者: Wang, Y. / Henz, M.E. / Gallagher, N.L. / Chai, S. / Gibbs, A.C. / Yan, L.Z. / Stiles, M.E. / Wishart, D.S. / Vederas, J.C.
履歴
登録1999年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYPE IIA BACTERIOCIN CARNOBACTERIOCIN B2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9741
ポリマ－4,9741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH FAVORABLE NON- BOND ENERGY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #6closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TYPE IIA BACTERIOCIN CARNOBACTERIOCIN B2


分子量: 4974.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Carnobacterium maltaromaticum (バクテリア)
参照: UniProt: P38580
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D NOESY
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY.

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試料調製

詳細内容: 5.0 MG CARNOBACTERIOCIN B2 IS DISOLVED IN 700 UL OF TFE-D3/H2O, 90%:10% V/V, PH 2.8.
試料状態イオン強度: 0 / pH: 2.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY6001
Varian UNITYVarianUNITY5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.85BRUNGER構造決定
VNMR5.1VARIAN解析
X-PLOR3.85BRUNGER精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 319 PROTON DISTANCE RESTRAINTS, 88 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS, 8 3JHNHA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS, AND 163 PROTON CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH FAVORABLE NON- BOND ENERGY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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