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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cw5 | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF CARNOBACTERIOCIN B2 | ||||||
要素 | TYPE IIA BACTERIOCIN CARNOBACTERIOCIN B2 | ||||||
キーワード | TOXIN / ANTIMICROBIAL PEPTIDE / HELIX / BACTERIOCIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated cytolysis of host cell / defense response to bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Carnobacterium maltaromaticum (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Wang, Y. / Henz, M.E. / Gallagher, N.L.F. / Chai, S. / Yan, L.Z. / Gibbs, A.C. / Stiles, M.E. / Wishart, D.S. / Vederas, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Solution structure of carnobacteriocin B2 and implications for structure-activity relationships among type IIa bacteriocins from lactic acid bacteria. 著者: Wang, Y. / Henz, M.E. / Gallagher, N.L. / Chai, S. / Gibbs, A.C. / Yan, L.Z. / Stiles, M.E. / Wishart, D.S. / Vederas, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cw5.cif.gz | 266.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cw5.ent.gz | 230.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cw5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cw5_validation.pdf.gz | 351.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cw5_full_validation.pdf.gz | 475 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1cw5_validation.xml.gz | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cw5_validation.cif.gz | 30 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/1cw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/1cw5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4974.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Carnobacterium maltaromaticum (バクテリア) 参照: UniProt: P38580 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D NOESY |
NMR実験の詳細 | Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. |
-試料調製
詳細 | 内容: 5.0 MG CARNOBACTERIOCIN B2 IS DISOLVED IN 700 UL OF TFE-D3/H2O, 90%:10% V/V, PH 2.8. |
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試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 2.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 319 PROTON DISTANCE RESTRAINTS, 88 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS, 8 3JHNHA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS, AND 163 PROTON CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS. | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH FAVORABLE NON- BOND ENERGY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |