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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cvn | |||||||||
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タイトル | CONCANAVALIN A COMPLEXED TO TRIMANNOSIDE | |||||||||
![]() | CONCANAVALIN A | |||||||||
![]() | LECTIN (AGGLUTININ) / CONCANAVALIN A / SACCHARIDE BINDING | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Naismith, J.H. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of trimannoside recognition by concanavalin A. 著者: Naismith, J.H. / Field, R.A. #1: ![]() タイトル: Refined Structure of Concanavalin a Complexed with Methyl Alpha-D-Mannopyranoside at 2.0A Resolution and Comparison with the Saccharide-Free Structure 著者: Naismith, J.H. / Emmerich, C. / Habash, J. / Harrop, S.J. / Helliwell, J.R. / Hunter, W.N. / Raftery, J. / Kalb(Gilboa), A.J. / Yariv, J. #2: ![]() タイトル: Refined Structure of Cadmium-Substituted Concanavalin a at 2.0A Resolution 著者: Naismith, J.H. / Habash, J. / Harrop, S.J. / Helliwell, J.R. / Hunter, W.N. / Wan, T.C.M. / Weisgerber, S. / Kalb(Gilboa), A.J. / Yariv, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 199.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 158.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5cnaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25622.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TRIMANNOSIDE COMPLEX / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9 / 詳細: pH 9.0 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1995年7月13日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→8 Å / Num. obs: 48025 / % possible obs: 95.54 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.222 / % possible all: 80 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80 % / 冗長度: 1.5 % / Num. unique obs: 5025 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5CNA 解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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