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- PDB-1cvl: CRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIAL LIPASE FROM CHROMOBACTERIUM VISCOS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cvl
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIAL LIPASE FROM CHROMOBACTERIUM VISCOSUM ATCC 6918
要素TRIACYLGLYCEROL HYDROLASE
キーワードHYDROLASE / TRIACYLGLYCEROL-HYDROLASE / PSEUDOMONADACEAE / OXYANION / CIS-PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipases, serine active site. / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triacylglycerol lipase / Triacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium viscosum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lang, D.A. / Hofmann, B. / Haalck, L. / Hecht, H.-J. / Spener, F. / Schmid, R.D. / Schomburg, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of a bacterial lipase from Chromobacterium viscosum ATCC 6918 refined at 1.6 angstroms resolution.
著者: Lang, D. / Hofmann, B. / Haalck, L. / Hecht, H.J. / Spener, F. / Schmid, R.D. / Schomburg, D.
履歴
登録1997年1月9日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIACYLGLYCEROL HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1582
ポリマ－33,1181
非ポリマー401
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.080, 156.820, 43.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 TRIACYLGLYCEROL HYDROLASE


分子量: 33117.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CHAIN BREAK FROM V 220 - G 222 / 由来: (天然) Chromobacterium viscosum (バクテリア)
参照: UniProt: Q05489, UniProt: P0DUB9*PLUS, triacylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細PARTLY DEGRADED LIPASE AS A RESULT OF UNSPECIFIC PROTEOLYTIC DIGESTION DURING PURIFICATION AND/OR ...PARTLY DEGRADED LIPASE AS A RESULT OF UNSPECIFIC PROTEOLYTIC DIGESTION DURING PURIFICATION AND/OR STORAGE PROVEN BY MALDI-TOF MASS SPECTROSCOPY MOLECULAR WEIGHT: CALCULATED -- 33091 DALTON MEASURED -- 32839 DALTON LEU 17 AND THR 20 ARE RESIDUES LOCATED ON THE OXYANION LOOP, A STRUCTURAL MOTIF, WHICH IS IMPORTANT FOR THE STABILIZATION OF THE NEGATIVE CHARGE OF THE TETRAHEDRAL INTERMEDIATE DURING ENZYME CATALYSIS. THEY POSSESS AN ENERGETICALLY HIGHER CONFORMATION ACTIVE SITE SER 87 HAS THE TYPICAL CONFORMATION FOR THE NUCLEOPHILE OF A ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD ENZYME.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化pH: 6.4
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 10-14 % PEG 4000, 10-14 % MPD, 100 MM CITRATE/PHOSPHATE BUFFER, PH 6.4
結晶化
*PLUS
温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mllipase1drop
25 mMTris-HCl1drop
30.25 %(w/v)n-octyl-beta-D-glycopyranoside1drop
414 %(w/v)PEG40001reservoir
510-14 %(v/v)MPD1reservoir
6100 mMcitrate-phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年11月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 33644 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 73.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 87722
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.7 % / Rmerge(I) obs: 0.22

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
CCP4データ削減
MLPHARE位相決定
PROLSQ精密化
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.6→8 Å / 交差検証法: RANDOM / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.178 --
all-32395 -
obs-32395 88 %
原子変位パラメータBiso mean: 14.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2316 0 1 230 2547
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0210.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0440.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0540.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.31
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.051.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.641
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.261.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0820.075
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1690.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2120.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.7043
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.0715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor2520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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