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万見
- PDB-1cvj: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE POLY(A)-BINDING PROTEIN IN COMPLEX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cvj
タイトルX-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE POLY(A)-BINDING PROTEIN IN COMPLEX WITH POLYADENYLATE RNA
要素
  • 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
  • POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
キーワードGENE REGULATION/RNA / RRM / PROTEIN-RNA COMPLEX / GENE REGULATION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / translation activator activity / CRD-mediated mRNA stabilization / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / Deadenylation of mRNA / poly(A) binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / positive regulation of cytoplasmic translation ...mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / translation activator activity / CRD-mediated mRNA stabilization / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / Deadenylation of mRNA / poly(A) binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / positive regulation of cytoplasmic translation / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / mRNA stabilization / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / poly(U) RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Translation initiation complex formation / cell leading edge / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of viral genome replication / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / catalytic step 2 spliceosome / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / mRNA 3'-UTR binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / lamellipodium / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / mRNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / MLLE domain / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif ...: / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / MLLE domain / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / Polyadenylate-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Deo, R.C. / Bonanno, J.B. / Sonenberg, N. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Recognition of polyadenylate RNA by the poly(A)-binding protein.
著者: Deo, R.C. / Bonanno, J.B. / Sonenberg, N. / Burley, S.K.
履歴
登録1999年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年5月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
M: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
N: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
O: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
P: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
Q: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
R: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
S: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
T: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
A: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
B: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
C: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
D: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
E: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
F: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
G: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
H: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,09724
ポリマ－200,31916
非ポリマー2,7788
水95553
1
M: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
A: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3873
ポリマ－25,0402
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
N: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
B: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3873
ポリマ－25,0402
非ポリマー3471
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
O: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
C: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3873
ポリマ－25,0402
非ポリマー3471
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
P: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
D: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3873
ポリマ－25,0402
非ポリマー3471
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
Q: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
E: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3873
ポリマ－25,0402
非ポリマー3471
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
R: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
F: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3873
ポリマ－25,0402
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
S: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
G: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3873
ポリマ－25,0402
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
T: 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'
H: POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3873
ポリマ－25,0402
非ポリマー3471
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.557, 176.797, 82.489
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.67, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: RNA鎖
5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3'


分子量: 3576.306 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
POLYADENYLATE BINDING PROTEIN 1 / POLY(A) BINDING PROTEIN 1 / PABP 1


分子量: 21463.604 Da / 分子数: 8 / Fragment: RESIDUES 1-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11940
#3: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化温度: 296.7 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: AMMONIUM SULFATE, TCEP, TRIS-HCL, POTASSIUM CHLORIDE, GLYCEROL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.7K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1TCEP11
2TRIS-HCL11
3KCL11
4(NH4)SO411
5GLYCEROL11
6(NH4)SO412
7GLYCEROL12
結晶化
*PLUS
温度: 24 ℃ / 詳細: a 1 : 1.2 protein : RNA ratio
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.1 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
35.5 mg/mlprotein1drop
4RNA1drop
51
61
71

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1931
2931
3931
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンCHESS A110.935
シンクロトロンCHESS F120.9159
シンクロトロンNSLS X9B30.9771
検出器
タイプID検出器日付
OTHER1CCD1998年12月11日
OTHER2CCD1999年2月3日
OTHER3CCD1999年2月22日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9351
20.91591
30.97711
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 61125 / Num. obs: 61125 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 60 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 5791 10 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 57149 --
all-61739 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9683 1274 152 53 11162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.57
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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