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万見
- PDB-1cun: CRYSTAL STRUCTURE OF REPEATS 16 AND 17 OF CHICKEN BRAIN ALPHA SPECTRIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cun
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF REPEATS 16 AND 17 OF CHICKEN BRAIN ALPHA SPECTRIN
要素PROTEIN (ALPHA SPECTRIN)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / TWO REPEATS OF SPECTRIN / ALPHA HELICAL LINKER REGION / 2 TANDEM 3-HELIX COILED- COILS
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / cell junction / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Grum, V.L. / Li, D. / MacDonald, R.I. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Structures of two repeats of spectrin suggest models of flexibility.
著者: Grum, V.L. / Li, D. / MacDonald, R.I. / Mondragon, A.
履歴
登録1999年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ALPHA SPECTRIN)
B: PROTEIN (ALPHA SPECTRIN)
C: PROTEIN (ALPHA SPECTRIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1503
ポリマ－73,1503
非ポリマー00
水12,394688
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.341, 201.145, 94.765
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ALPHA SPECTRIN)


分子量: 24383.373 Da / 分子数: 3
断片: REPEATS 16 AND 17 (RESIDUES 1771 TO 1982 PLUS AN N-TERMINAL MET)
変異: L1771V, G1827S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CHICKEN BRAIN MRNA FOR SPECTRIN ALPHA-CHAIN / プラスミド: PET8C / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07751
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.99M AMMONIUM SULFATE, 0.12M NA, K TARTRATE, 0.1M NA CITRATE PH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 70 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.99 Mammonium sulfate1reservoir
20.12 Msodium potassium tartrate1reservoir
30.1 Msodium citrate1reservoir
45 mg/mlprotein1drop
510 mMHEPES1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 387128 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / % possible all: 79.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 75300 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Num. measured all: 387128
反射 シェル
*PLUS
冗長度: 2.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR精密化
REFMAC精密化
MLPHARE位相決定
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2→24.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 34928405.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 3782 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs-75335 92.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.57 Å20 Å20 Å2
2---4.82 Å20 Å2
3---7.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5136 0 0 688 5824
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d17.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.26
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.51.97
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it22.11
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it23.37
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 533 4.9 %
Rwork0.258 10284 -
obs--80.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'REFMAC, X-PLOR' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.216 / Rfactor Rfree: 0.262 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 38.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.77
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.26
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it22.11
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.51.97
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it23.37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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