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- PDB-1ctt: TRANSITION-STATE SELECTIVITY FOR A SINGLE OH GROUP DURING CATALYS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ctt
タイトルTRANSITION-STATE SELECTIVITY FOR A SINGLE OH GROUP DURING CATALYSIS BY CYTIDINE DEAMINASE
要素CYTIDINE DEAMINASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine nucleoside binding / deoxycytidine catabolic process / cytidine deaminase / cytidine deamination / : / cytidine deaminase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytidine deaminase, bacteria / Cytidine deaminase, homodimeric / Cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain ...Cytidine deaminase, bacteria / Cytidine deaminase, homodimeric / Cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,4-DIHYDRO-1H-PYRIMIDIN-2-ONE NUCLEOSIDE / Cytidine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xiang, S. / Short, S.A. / Wolfenden, R. / Carter, C.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Transition-state selectivity for a single hydroxyl group during catalysis by cytidine deaminase.
著者: Xiang, S. / Short, S.A. / Wolfenden, R. / Carter Jr., C.W.
履歴
登録1995年2月11日処理サイト: BNL
改定 1.01995年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTIDINE DEAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8653
ポリマ－31,5701
非ポリマー2962
水88349
1
A: CYTIDINE DEAMINASE
ヘテロ分子

A: CYTIDINE DEAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7316
ポリマ－63,1402
非ポリマー5914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area19330 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)120.300, 120.300, 78.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細SYMMETRY THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. APPLIED TO RESIDUES: 1 .. 700 SYMMETRY1 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000

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要素

#1: タンパク質 CYTIDINE DEAMINASE


分子量: 31569.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABF6, cytidine deaminase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-DHZ / 3,4-DIHYDRO-1H-PYRIMIDIN-2-ONE NUCLEOSIDE / 3,4-ジヒドロゼブラリン


分子量: 230.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.29 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 65 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
111-16 mg/mlprotein1drop
214-20 %satammonium sulfate1drop
332-45 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 34000 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 %
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. measured all: 118087 / Rmerge(I) obs: 0.0781

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3モデル構築
TNT5A精密化
X-PLOR3精密化
R-AXISデータ削減
X-PLOR3位相決定
精密化解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.19 -
obs0.19 30265
原子変位パラメータBiso mean: 33.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2220 0 17 49 2286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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