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万見
- PDB-1ctp: STRUCTURE OF THE MAMMALIAN CATALYTIC SUBUNIT OF CAMP-DEPENDENT PR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ctp
タイトルSTRUCTURE OF THE MAMMALIAN CATALYTIC SUBUNIT OF CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE AND AN INHIBITOR PEPTIDE DISPLAYS AN OPEN CONFORMATION
要素
  • cAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
  • cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE(PHOSPHOTRANSFERASE) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / germinal vesicle / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / molecular function inhibitor activity ...negative regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / germinal vesicle / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / molecular function inhibitor activity / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / sperm flagellum / negative regulation of TORC1 signaling / protein kinase A signaling / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / acrosomal vesicle / cellular response to heat / molecular adaptor activity / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Karlsson, R. / Zheng, J. / Xuong, N.H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Structure of the mammalian catalytic subunit of cAMP-dependent protein kinase and an inhibitor peptide displays an open conformation.
著者: Karlsson, R. / Zheng, J. / Xuong, N. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Crystal-Structure of the Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein-Kinase Complexed with a Mgatp and Peptide Inhibitor
著者: Zheng, J. / Knighton, D.R. / Xuong, N.-H. / Eyck, L.F.T. / Karlsson, R. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: 2.0 Angstroms Refined Crystal Structure of the Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein Kinase Complexed with a Peptide Inhibitor and Detergent
著者: Knighton, D.R. / Bell, S.M. / Zheng, J. / Eyck, L.F.T. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: 2.2 Angstroms Refined Crystal-Structure of the Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein-Kinase Complexed with Mnatp and a Peptide Inhibitor
著者: Zheng, J.H. / Trafny, E.A. / Knighton, D.R. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Eyck, L.F.T. / Sowadski, J.M.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Subunit of Cyclic Adenosine Monophosphate-Dependent Protein Kinase
著者: Knighton, D.R. / Zheng, J. / Eyck, L.F.T. / Ashford, V.A. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Structure of a Peptide Inhibitor Bound to the Catalytic Subunit of Cyclic Adenosine Monophosphate-Dependent Protein Kinase
著者: Knighton, D.R. / Zheng, J. / Eyck, L.F.T. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Expression of the Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein Kinase in Escherichia Coli
著者: Slice, L.W. / Taylor, S.S.
履歴
登録1993年4月8日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年7月18日Group: Source and taxonomy
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: cAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
I: cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form
E: MYRISTIC ACID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3313
ポリマ－43,1032
非ポリマー2281
水362
1
E: cAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
I: cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form
ヘテロ分子

E: cAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
I: cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6626
ポリマ－86,2054
非ポリマー4572
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_545-x+1/4,z-1/4,y+1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)171.500, 171.500, 171.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Atom site foot note1: N-TERMINAL IS MYRISTOYLATED BUT ONLY THE LAST 10 ATOMS OF THE ALKANE CHAIN WERE LOCATED. THE MYRISTOYLATE GROUP IS PRESENTED ON *HETATM* RECORDS AT THE END OF THE CHAIN.
2: RESIDUE THR E 197 IS PHOSPHORYLATED.

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要素

#1: タンパク質 cAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE


分子量: 40624.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P36887, EC: 2.7.1.37
#2: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form


分子量: 2478.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61925, UniProt: P61926*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細N-TERMINAL IS MYRISTOYLATED BUT ONLY THE LAST 10 ATOMS OF THE ALKANE CHAIN WERE LOCATED. THE ...N-TERMINAL IS MYRISTOYLATED BUT ONLY THE LAST 10 ATOMS OF THE ALKANE CHAIN WERE LOCATED. THE MYRISTOYLATE GROUP IS PRESENTED ON *HETATM* RECORDS AT THE END OF THE CHAIN. THERE ARE NINE MUTATIONS BETWEEN THE MOUSE RECOMBINANT FORM OF THE ENZYME (PDB ENTRY 2CPK) AND THE PORCINE ENZYME GIVEN IN THIS ENTRY. THE MUTATIONS ARE: PORCINE ENZYME - MOUSE RECOMBINANT ENZYME ASN 32 THR 32 ALA 34 SER 34 HIS 39 GLN 39 GLU 44 ASP 44 THR 65 SER 65 PHE 69 TYR 69 TYR 108 PHE 108 PRO 124 ALA 124 SER 348 THR 348

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.96 %
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Knighton, D.R., (1991) Science, 253, 414.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / Num. obs: 17821 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Num. measured all: 119740

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.9→7 Å / Rfactor obs: 0.19
詳細: THE TEMPERATURE FACTOR OF OH TYR E 108 IS ABOUT 30 UNITS GREATER THAN THOSE OF THE ATOMS IN THE PHENYL RING.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2720 0 10 2 2732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. reflection obs: 17077 / Rfactor obs: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 17.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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